פתיחתו של המעבר התאפשרה לאחר שננקטו הפעולות הנדרשות לבנייתו מחדש של המעבר ואבטחת המעבר והעובדים בו.

בתאריך 14/01/05 , ד' בשבט תשס"ה, ארע פיגוע משולב במעבר, בו נרצחו 6 אזרחים ישראלים ו - 5 אזרחים נוספים נפצעו. נוכח הפיגוע הקשה נסגר המעבר.

מדובר צה"ל נמסר כי פתיחת מעבר הסחורות "קרני" מצטרפת לסדרת הקלות לאוכלוסייה הפלסטינית, במסגרתה נפתח מחדש מעבר רפיח לפני כשבועיים, ביום שלישי 01/02/05, באופן מלא לתנועת פלסטינים לאחר שנסגר בתאריך 12/12/04 , עקב פיגוע משולב במוצב צה"ל המאבטח את המעבר, פיגוע בו נהרגו 5 חיילי צה"ל ו - 5 חיילים נוספים נפצעו.