לקראת מסירתה של העיר יריחו לשליטה של הרשות הפלשתינית, תובעים אנשי ישיבת "שלום על ישראל" מצה"ל, לאפשר גם את שיבת הישיבה על תלמידיה לבית הכנסת העתיק "שלום על ישראל", שבפאתי העיר.

במכתב שנשלח אל שר הביטחון, שאול מופז, ואל אלוף פיקוד המרכז, יאיר נווה, כותב ראש העמותה שמפעילה את ישיבת יריחו, ח"כ לשעבר הרב חנן פורת: "מאז שגורשנו מבית הכנסת אנו ממשיכים להפעיל את מוסדותינו, מתוך תקווה שחוק הוא חוק והסכם הוא הסכם, והרי זכותנו להגיע לבית הכנסת להתפלל וללמוד בו עוגנה בהסכמי אוסלו".

פורת מדגיש כי עם תחילת האינתיפאדה הנוכחית, ביום בו נהרס ונשדד קבר יוסף בשכם, ח' בתשרי תשס"א, (7 באוקטובר 00'), פרצו ערביי יריחו גם לבית הכנסת "שלום על ישראל", הרסו ובזזו את הציוד במקום, שרפו את הסידורים וספרי הקודש, והרסו לחלוטין את המבנה.

עם החזרת המצב לקדמותו, דורשים תלמידי הישיבה, הפועלת מאז בישוב הסמוך מבואות יריחו, לאפשר להם את חידוש הלימודים והשהיה במקום, כפי שהוחלט וסוכם בסכמי אוסלו, וכפי שפעלה הישיבה, ללא כל הפרעה מצד הפלשתינאים בשנים 1993, עד 2000.