בימים האחרונים חלה הדרדרות במצבו והוא חובר למכונת ההנשמה אולם אתמול מת האפיפיור יוחנן פאולוס ה-2, בגיל 85.

הנשיא, משה קצב, שלח את תנחומי העם היהודי על פטירתו של האפיפיור יוחנן פאולוס השני "העם היהודי יזכור את יוחנן פאולוס השני כמי שקם באומץ, ושם קץ לעוול היסטורי, כשהזים רשמית את הדעות הקדומות ואת ההאשמות נגד היהודים שרווחו בכתבי הכנסייה הקתולית ובקרב מאמיניה. אותן דעות והאשמות שבגללן סבלו בני עמנו ודתנו מאנטישמיות ארסית, מרדיפות ומשפיכות דמים. כמו כן יזם וטיפח דיאלוג מעמיק ופורה בין היהדות לנצרות ובין מדינת ישראל לוותיקן", אמר קצב.

הראשון לציון, הרב הראשי לישראל שלמה עמר אמר שיוחנן פאולוס השני היה הראשון שפיתח יחסים דיפלומטים בין הוותיקן לישראל, ביטל את האיסור שלהם להיכנס לבתי כנסת, והיה הראשון שהזמין את הרבנים הראשים לדון באנטשמיות הגואה בעולם" הרב עמר הביע תקוותו כי יורשיו ימשיכו את דרכו.

הרב יונה מצגר שנפגש עם האפיפיור בשנה האחרונה אמר כי הוא הפגין ידידות לעם היהודי והביע סלידתו מהאנטשמיות, הרב מצגר ציין כי הוא הציל הרבה יהודים בשואה.

מזכ"ל האו"ם, קופי ענאן, אמר כי אבד "לוחם השלום הגדול". נשיא ארה"ב, ג'ורג' בוש, אמר כי הכנסייה "איבדה את הרועה, משרת טוב ונאמן של האל שנקרא לשוב לביתו, האפיפיור עזב את כהונתו כפי שנכנס אליה - עדות לאנושיותו של האדם".