בראיון משותף שהעניקו הרבנים הראשיים לכתבת סיון רהב-מאיר מערוץ 2, אמר הרב מצגר: "אני לא מבין איך יהודי יכול לתמוך בהתנתקות". עמיתו, הרב עמר, הוסיף: "אני מתפלל בכל יום לביטול הגזירה".

בימים האחרונים הוציאו הרבנים הראשיים קריאה למתיישבים ולחיילים, להימנע מאלימות ומסרבנות לקראת יישום ההתנתקות. "צער וכאב על שבר בת עמי ועל שהתגלגלנו לעת קשה ומייסרת, הגוררת בעקבותיה מחלוקת קשה ומפלגת עד כדי הרמת יד איש באחיו וסופה ותוצאותיה מי ישורם", כתב הרב מצגר.

"אני פונה אל כוחות הביטחון בתחינה, לגלות רגישות והבנה עמוקה לרגשותיהם של אחינו ואחיותינו, שהנם מיטב בניו ובנותיו של העם היושב בציון, ולכאבם העמוק, על שנאלצים הם להתנתק ולהיעקר מאדמתם ומביתם אותו בנו באמונה, בשליחות ובמסירות נפש אמיתית, לאחר שגרו בו למעלה מ-30 שנה וזכו לגדל דור שלישי. עתה מפעל חייהם ואהבתם הגדולה עומדים להיחרב אל מול עיניהם".