במאמרו מאתמול במדורו "על המצפה" העביר חגי הוברמן ביקורת על מנהיג היהדות החרדית הרב יוסף שלום אלישיב בשל תמיכתו בתכנית ההתנתקות ובכלל זה בהחרבת עולם תורה עשיר שכולל עשרות ישיבות, כוללים ובתי כנסת. עוד מציין הוברמן שתמיכת הרב אלישיב בתכנית ההתנתקות מנוגדת אף לעמדת הציבור שלו.

ח"כ משה גפני מיהדות התורה פנה אל היועץ המשפטי לממשלה מני מזוז בבקשה לפתוח בחקירה נגד הוברמן על "הסתה פרועה אשר עלולה להוביל נערים קלי דעת בקרב שוליים חמומי מוח בקצה המחנה אליו הוא משתייך למעשים, ה' ישמור אותנו מהם."

במכתבו למני מזוז כותב גפני שהרב אלישיב מעולם לא הביע את עמדתו ולא קבע הוראה בנושא תכנית ההתנתקות אלא רק השיב תשובות הלכתיות על שאלות נקודתיות שנשאל על ידי שר הביטחון שאול מופז בפגישה עמו. על פי תשובות אלה קובע הרב אליישיב כי אין צורך לסכן חיי חיילים ושוטרים על מנת להרוס בתי מגורים לאחר הפינוי המתוכנן ואין קדושה מיוחדת בחלקים המרכיבים בית כנסת כמו קירות, חלונות וכדו'.

ביחס למאמרו של הוברמן כותב גפני שזהו "מאמר שכולו רצוף בורות עובדתית, חוצפה בלתי מתקבלת על הדעת ומעל הכל הסתה פרועה..."

חגי הוברמן אמר בתגובה לכתבנו עודד שטרן "אינני נכנס לפלפול ההלכתי", "אני שופט לפי המעשים, והרב אלישיב גורם לחילול ה', הרס בתי כנסת והרס ישובים יהודיים זה חילול ה' והרב אלישיב לא עושה דבר כדי למנוע את זה", אמר.

לטענת גפני כי הרב אלישיב מעולם לא הביע עמדה לגבי תכנית ההתנתקות אומר הוברמן: "מופז יצא מפגישתו עם הרב אלישיב עם פסק הלכה המאשר להמשיך בתכנית ההתנתקות, בכך הרב נותן את ידו למהלך ומאפשר את קיומו.
אם הרב מתנגד להתנתקות, אז שנציגיו בכנסת יביעו אי אמון בממשלה, הרי אם הממשלה נופלת, כל התכנית נופלת."

את מאמרו מגדיר הוברמן "ביקורת עניינית, דברים חריגים, אבל בלשון נקייה". "במקום שיש חילול ה' אין חולקים כבוד לרב" אומר הוברמן, "וכאן יש חילול ה' ענק".