מתחקירים ראשוניים עולה כי הכשל ביישוב אלי סיני נובע גם מחוסר נכונות לקבל החלטה מדינית. על פי כל הסימנים התריעה הגדר המצויה גם כיום על פריצת המחבלים, אולם המרחק הקצר מאוד בין הגדר לבתי היישוב היה בעוכריה של המערכת הצבאית והאזרחית, וזו לא הצליחה לתת מענה במועד שעזרתה הייתה כה נחוצה.

חיילי המילואים, הפועלים במסגרת אבטחת היישובים (אבט\"ש) נתנו את המענה הראשוני להתקפה, אך בשל המרחק הקצר בין הגדר לבתי היישוב הם לא הצליחו למנוע מהמחבלים להיכנס אליו.
גם לוחמי \"גבעתי\" הסדירים, העוסקים במסגרת מפקדת הפלוגה בדוגית באבטחת אזור צפון הרצועה, והמשמשים כוח נייד להתערבות מהירה, הגיעו למקום, אך כבר לא היו יכולים למנוע את פעולת המחבלים, כמו גם את התבצרותם בבית ביישוב.

עוד מתברר כי שקציני מילואים כבר התריעו בעבר על כך שהיישובים בצפון הרצועה פרוצים לחדירת מחבלים, ולפני שחזרו לשגרת יומם האזרחית הם העבירו את התערותיהם גם אל התושבים.

תושבי צפון הרצועה זועמים על כך שבמהלך השנה האחרונה הם ניסו בכל דרך לשכנע את צה\"ל ואת שר הביטחון בן אליעזר, להקים גדר אלקטרונית שתגן על יישובי צפון הרצועה, ושתהיה כפופה לפיקוח ולהפעלה של הצבא.

הדרג המדיני התנגד לבניית גדר, שתבשר, כביכול, כי ישראל מספחת את היישובים אליה. יתירה מזאת: בעת כהונתו של מתן וילנאי כאלוף פיקוד הדרום ביקשו ממנו המתיישבים להקים את הגדר, אך באסיפה שכונסה באלי סיני הוא השיב לתושבים כי הוא אלוף הפיקוד והוא שיחליט על הדרכים הראויות לשמירת הביטחון. \"אני יכול לתת ביטחון גם ללא גדר\", אמר.