כתבנו קובי פינקלר מוסר שהמבנה החדש יהיה גדול בהרבה מהבור הנוכחי, שנמצא בשימוש משנות ה-70'. הוא יהיה משוכלל יותר ויותקנו בו מערכות תקשוב מתקדמות. החמ"ל החדש יתאים לתפיסת ההפעלה החדשה של צה"ל ויושם בו דגש על שילוב בין כל אגפי צה"ל ובין ארגוני הביטחון השונים.
עד שתסתיים הקמתו של הבור החדש, נמצא הבור הישן בשיפוצים שנועדו להתאים אותו לפעילות בעימות מוגבל ולתפיסת ההפעלה החדשה. בחמ"ל ה"בין-ארגוני" שנבנה בו, יוקצה שטח מיוחד לגורמי ביטחון חיצוניים, ביניהם השב"כ ומשטרת ישראל.