ביקורת קשה נמתחה על תפקודו של הרב הראשי לצה"ל הרב ישראל וייס בנוגע לפינוי קברים מגוש קטיף, חילולי שבת בצה"ל, ועל התבטאויותיו בנוגע לסירוב פקודה. הדברים הועלו במהלך כנס חירום של סגל רב"צ במיל', שהתקיים ביום חמישי האחרון בירושלים. בין ההחלטות בכנס הוא לקרוא לצה"ל לחדול מכפיה מצפונית.

הכנס נועד "להביע קול זעקה ומחאה על ניצול צה"ל והשימוש בו, תוך חילול שבת, לצרכים שאינם מצורכי הביטחון ובניגוד לחוות דעת של מומחי ביטחון בעניין פינוי וגירוש יהודים מגוש-קטיף וצפון השומרון, דבר אשר יביא למצב של פיקוח נפש וסיכון חמור של בטחון היישובים עוטפי עזה וכלל תושבי ארץ ישראל, ומנוגד להלכה ולתורת ישראל".

כתבתנו רותי אברהם מוסרת כי בכנס השתתפו רבנים וקצינים וסגל דת של הרבנות הצבאית במילואים בהם: אל"מ הרב אברהם אבידן, אל"מ הרב יוסי הראל, סא"ל הרב ישראל אריאל, סא"ל הרב שלמה גרברצ'יק, הרב דני שילה, הרב חיים שטיינר, הרב איסר קלונסקי הרב אבשלום קציר ועוד. חלק מהדוברים מחו נמרצות על מה שהוגדר על ידם "טיפולו הכושל של הרב הצבאי הראשי", בנוגע לחילולי שבת, פינוי קברים. היו שאמרו כי אין זה מעניינו של הרב הראשי לצה"ל להביע את דעתו על סירוב פקודה. מלבד הצהרות, טענו הדוברים, הרב וייס 'אינו שולט בענינים'.

בתום הכנס הוחלט כי יש: "לדרוש משלטונות הצבא להפסיק פעילויות של חילול שבת הנוגדות את הוראות הפיקוד העליון בדבר שמירת השבת בצבא. פקודות הניתנות לחיילים וגורמות לחילולי שבת ואינם מעוגנות בפקודות הצבא, מערערות הם את אחד הנדבכים החשובים הגורמים ללכידות ואחדות כלל המשרתים בצה"ל וכך מעמידים את החיילים שומרי השבת והמצוות במצב בלתי נסבל וקשה".

כמו כן הוחלט לאזכר ולרענן את נוהלי הצבא "כיצד על חייל לנהוג כאשר הוא מקבל פקודה לבצע פעילות של שבת בניגוד להלכה, לאמור: עליו להודיע למפקדו כי באם הפקודה נוגדת את פקודות הפיקוד העליון ופקודת מטכ"ל בעניין שמירת השבת, שאסור לו לבצע הפקודה מבחינת 'מעוות לא יוכל לתקון'. כן הדבר בכל בעיה הלכתית העומדת על הפרק אשר החייל שואל את רבותיו".

בהחלטותיהם מתריעים משתתפי הכנס "על החומרה הרבה בעקירת ישובים, בתי כנסת, בתי מדרש, והעברת קברים ממקומם בארץ ישראל בפקודה, ותובעים משלטונות צה"ל לחדול מכפיה מצפונית חמורה על חיילים שומרי מצוות בעניינים אלו, ובמיוחד בעניני צניעות בנוכחותן של בנות בתוך יחידות של בנים ולשנות הנוהלים הקיימים".

חלק ממשתתפי הכנס יצאו להגנת הרב וייס וטענו כי הוא נמצא בתנאים קשים שאנשי המילואים לא חוו בתקופת שירותם.

הכנס הסתיים בכוונה לערוך כנסים דומים וב"תפילה לבורא עולם: "שישמע לקול תפילתנו ויחוס וירחם על עמו ישראל ונזכה במים אלו 'ימי בין המצרים' לגאולה השלמה ובניין בית-המקדש במהרה בימינו אמן".