הרמטכ"ל, רב-אלוף דן חלוץ, הורה אמש לקיים בדיקה מקיפה באגף כוח האדם של צה"ל, כדי לברר מדוע נשקו נשאר ברשותו למרות שהיה נפקד ובעל רקע בעייתי.

האלוף יפתח רון-טל, מפקד זרוע היבשה בצה"ל, מינה ועדת חקירה לפרשה בראשותו של אל"מ ארז הנקין.
בצה"ל מתייחסים בחומרה רבה, ומוקיעים את הרצח שבוצע תוך שימוש נלוז במדי צה"ל ונשקו.

מהתחקיר הראשוני עולה כי לאחר שהחייל ברח מיחידתו באמצע יוני, ביקרו מפקדיו פעמיים בבית המשפחה בראשון לציון. בביקור השני אמר להם האב כי בנו אינו מתגורר בבית זה שנתיים, וכי הוא שוהה בתפוח.

מפקדו של נתן-זאדה, מג"ד טירונים, דיווח למצ"ח על עריקתו של החייל וביקש את התערבותה. הוא הזהיר כי לחייל יש נשק והוא עלול "לעשות מעשים פליליים" ויש לנסות לאתרו במהירות.

הרמטכ"ל הביע תנחומיו בפני משפחות ההרוגים בשפרעם ואיחל החלמה מהירה לפצועים.
משטרת ישראל בשיתוף עם שירות בטחון כללי, מנהלים חקירה באשר לנסיבות המקרה, אליהם תצטרף המשטרה הצבאית החוקרת.

דובר צה"ל מסר כי החייל נפקד משירות החל מאמצע חודש יוני 2005. במהלך התקופה הזו נעשו מאמצים רבים ליצור קשר עם החייל, ואף נערכו מספר פגישות ושיחות עם בני משפחתו של החייל על מנת לנסות לאתרו ולהשיבו לשירות, וכן להשיב את הנשק לרשות צה"ל.

ראש אכ"א, האלוף אלעזר שטרן, קבע אמש כי החייל מת בנסיבות שיש עמן קלון לכן ייערך לו טקס קבורה אזרחי או טקס צבאי נטול סממני כבוד.