הסיבה לעקירת עצי האקליפטיס היא כי בתוך עלי האקליפטוס בשמורה קיים חומר המונע נביטה של עצים ופרחים אחרים. לדוגמא האקליפטוס גרם לצמצום ערברבה קטנת הפרחים, שנחשבת לפרח מוגן ונכחד שקיים רק בתל דן.
לפי התוכנית, יבצעו עובדי הרשות בכל שנה "כריתה כירורגית" של ארבעה דונמים משטח העצים, וכך בתוך 10 שנים לא ימצאו יותר אקליפטוסים בתל דן.
שמורת תל דן בצפון מיוחדת בשפע המים שבה. השמורה מהווה נקודת מפגש בין צומח צפוני דוגמת מילה סורית ושמיר קוצני, לצומח דרומי דוגמת אלה אטלנטית ושיזף השיח, לצומח ים תיכוני דוגמת אשחר רחב עלים וער אציל. שפע המים יוצר "ג'ונגל" של עצים ומטפסים.