הרב רביץ מדגל התורה מגלה כי הרב לבנון ראש ישיבת ההסדר אלון מורה ביקר במשרדו עם "עוד מנהיגים מאלה שהיו יחד עם האנשים שנותקו ממקומם", וכי הרב לבנון "נמצא עכשיו במצב שהוא מחפש את הדרכים איך להשתלב במערכות איך להיות קרוב יותר לכללים של ממשלת ישראל כדי לסייע ברוח טובה". דבריו של רביץ נאמרו במהלך דיון בשאילתא שהגיש ח"כ הרב יצחק לוי לסגן שר הבטחון בוים, בנוגע להוצאתה של ישיבת ההסדר אלון מורה מרשימת ישיבות ההסדר בטענה כי ראשה קרא לסירוב בתקופת ההתנתקות.
לאחר ההתנתקות פנה הרמטכ"ל דן חלוץ אל שר הבטחון וביקשו להוציא את הישיבה מהרשימה.
בוים בתשובתו לשאילתא של הרב לוי אישר כי אכן הנושא ממתין להכרעתו של שר הבטחון מופז. בוים אמר כי במהלך התקופה שקדמה להתנתקות "היו ראשי ישיבות הסדר שקראו לחיילי צה"ל להפר את הפקודות שניתנו להם על ידי מפקדים בצה"ל. ראש הישיבה (אלון מורה) אף חתם על גילוי דעת נגד תכנית ההתנתקות וקרא לחיילים בשירות סדיר לשרת במשימות הגנה ובטחון בלבד. לאור ההתנהלות של ראש הישיבה הרב לבנון אשר יתכן ואף תרמה לגילוי סרבנות בצה"ל, עמדת הרמטכ"ל הינה כי אם הרב לבנון ימשיך ויעמוד בראש הישיבה אזי מוצע לפעול לביטול ההכרה של משרד הבטחון בישיבת ההסדר הזו".
בוים הוסיף כי מופז שוקל את הבקשה לביטול ההכרה וכי מדובר בהליך מורכב ומחייב "איזון נכון בין כלל הגורמים והשיקולים הרלוונטיים והחלטה בענין תתקבל בהקדם".
הרב לוי הגיב לדברי בוים ואמר: "מכיון שאנחנו כבר אחרי המבול אחרי הצונאמי אחרי החורבן, ראוי היה להוריד את להבות המחלוקת וראוי היה ששר הבטחון אולי יזמין אליו ראשי ישיבות הסדר ישוחח איתם ולא ישאיר מכתבים כאלה תלויים ועומדים כחרב מתהפכת בפני ישיבה, ציבור גדול של תלמידים. הרי לא מדובר פה על ענישה לראש ישיבה מדובר על מעין ענישה לאותם מאות תלמידים שיבואו בשערי הישיבה ומעונינים לשרת גם בצבא".
ח"כ רביץ התייחס אף הוא לדברים ואמר כי הצבא אינו צריך לעסוק בנוגע לכך בענישה "שלטונות אחרים עוסקים בענישה. צריך לעשות הפרדה בין הגופים השונים במדינת ישראל מי עוסק בענישה ומי עוסק בבטחון". רביץ הוסיף ושאל האם בוים הביא בחשבון "את הסכנה שאני אולי יכול לברך עליה, שתלמידים אלה לא ילכו לצבא, אלא הם בעצם ילכו לישיבות רגילות? הרי כל הענין הזה של ישיבות ההסדר, הוא שילוב בין לימוד תורה שהוא מאד מאד חשוב לצעירי ישראל מסוימים, לבין השירות בצבא. תאר לך שהרמטכ"ל מבטל את ההסדר. לדעתי המהלך הפשוט יהיה שהבחורים היקרים האלה יבואו ללמוד תורה בישיבות רגילות. כפי שאמרתי, אני יכול לברך, אבל האם היה כאן שיקול דעת בכיוון זה"?
לאחר ההתנתקות פנה הרמטכ"ל דן חלוץ אל שר הבטחון וביקשו להוציא את הישיבה מהרשימה.
בוים בתשובתו לשאילתא של הרב לוי אישר כי אכן הנושא ממתין להכרעתו של שר הבטחון מופז. בוים אמר כי במהלך התקופה שקדמה להתנתקות "היו ראשי ישיבות הסדר שקראו לחיילי צה"ל להפר את הפקודות שניתנו להם על ידי מפקדים בצה"ל. ראש הישיבה (אלון מורה) אף חתם על גילוי דעת נגד תכנית ההתנתקות וקרא לחיילים בשירות סדיר לשרת במשימות הגנה ובטחון בלבד. לאור ההתנהלות של ראש הישיבה הרב לבנון אשר יתכן ואף תרמה לגילוי סרבנות בצה"ל, עמדת הרמטכ"ל הינה כי אם הרב לבנון ימשיך ויעמוד בראש הישיבה אזי מוצע לפעול לביטול ההכרה של משרד הבטחון בישיבת ההסדר הזו".
בוים הוסיף כי מופז שוקל את הבקשה לביטול ההכרה וכי מדובר בהליך מורכב ומחייב "איזון נכון בין כלל הגורמים והשיקולים הרלוונטיים והחלטה בענין תתקבל בהקדם".
הרב לוי הגיב לדברי בוים ואמר: "מכיון שאנחנו כבר אחרי המבול אחרי הצונאמי אחרי החורבן, ראוי היה להוריד את להבות המחלוקת וראוי היה ששר הבטחון אולי יזמין אליו ראשי ישיבות הסדר ישוחח איתם ולא ישאיר מכתבים כאלה תלויים ועומדים כחרב מתהפכת בפני ישיבה, ציבור גדול של תלמידים. הרי לא מדובר פה על ענישה לראש ישיבה מדובר על מעין ענישה לאותם מאות תלמידים שיבואו בשערי הישיבה ומעונינים לשרת גם בצבא".
ח"כ רביץ התייחס אף הוא לדברים ואמר כי הצבא אינו צריך לעסוק בנוגע לכך בענישה "שלטונות אחרים עוסקים בענישה. צריך לעשות הפרדה בין הגופים השונים במדינת ישראל מי עוסק בענישה ומי עוסק בבטחון". רביץ הוסיף ושאל האם בוים הביא בחשבון "את הסכנה שאני אולי יכול לברך עליה, שתלמידים אלה לא ילכו לצבא, אלא הם בעצם ילכו לישיבות רגילות? הרי כל הענין הזה של ישיבות ההסדר, הוא שילוב בין לימוד תורה שהוא מאד מאד חשוב לצעירי ישראל מסוימים, לבין השירות בצבא. תאר לך שהרמטכ"ל מבטל את ההסדר. לדעתי המהלך הפשוט יהיה שהבחורים היקרים האלה יבואו ללמוד תורה בישיבות רגילות. כפי שאמרתי, אני יכול לברך, אבל האם היה כאן שיקול דעת בכיוון זה"?