בעקבות החקירה החליט הרשם כי עמותת ישיבת נחלים הנמצאת בתהליך הבראה, תמשיך לפעול עם ליווי מטעם רשם העמותות, ועמותת נחל יצחק תפורק.
כתבתנו רותי אברהם מוסרת כי שתי העמותות נדרשות לתבוע את הכספים שהוצאו מהן שלא כדין ולהגיש תביעות נזיקין כלפי מי 'שהזיק' להן. הרב בא-גד חוייב במחצית הוצאות החקירה בסך של 72,590 ₪ .