הנגבי נחקר בחשד לביצוע עבירות של מרמה והפרת אמונים, שימוש לרעה בכוח המשרה, שוחד בחירות, שבועת שקר ועדות שקר. כל אלו מתייחסים לתקופה שבה כיהן כשר במשרד לאיכות הסביבה.

החשדות נגד הנגבי עוסקים לכאורה במינויים פוליטיים במשרדו והחקירה נפתחה בעקבות דו"ח מבקר המדינה אליעזר גולדברג.

בהודעת הפרקליטות נמסר כי החקירה לוותה מתחילתה ולכל אורך התנהלותה על ידי צוות בכיר מפרקליטות מחוז ירושלים בראשות פרקליט המחוז עו"ד אלי אברבנאל.

פרקליט המדינה ערן שנדר הנחה לנהל את ההליכים בפרקליטות בזמן קצר ביותר האפשרי לקראת העברת התיק להכרעתו ולהכרעת היועץ המשפטי לממשלה מזוז. "בהתאם למדיניות שעליה הכריזו היועץ המשפטי לממשלה ופרקליט המדינה על אף שמדובר בחקירה שבה מעורב איש ציבור, לא יעוכב הטיפול בתיק וההכרעה בו תתקבל בהקדם האפשרים בהתאם לשיקום הראייתיים בלבד בלא קשר לעיתוי הבחירות", נמסר בהודעה.