בקרוב יוזמן הרב הצבאי הראשי, תא"ל הרב ישראל וויס, לבית המשפט המחוזי בירושלים ויצטרך להסביר מדוע פסק כי יהודה כץ מנעדרי סולטן יעקב הוא "חלל צה"ל שמקום קבורתו לא נודע". בני משפחת כץ טענו כי "וייס ורגב ביקשו לסגור את תיק החיילים הנעדרים מוקדם ככל האפשר, ועל כן הוציאו את פסק ההלכה במרמה תוך הסתרת מידע רלוונטי ומסירת מידע חלקי בלבד".

הזמנתו של הרב וייס לבית המשפט באה בעקבות תביעת הנזיקין שהגישה המשפחה נגד הרבצ"ר וראש אכ"א הקודם- האלוף (במיל.) גיל רגב. בתביעה הם דורשים מהם לשלם להם פיצויים ולממן את הטיפולים היקרים שעוברת אמם, הגב' שרה כץ.

אברהם כץ, אחיו של יהודה, אמר לשבועון "משפחה" כי "בפני הרבנים הוצגו רק חלק מהראיות הקיימות באופן מגמתי ומטעה, ולא הוצגו בפניהם ראיות אשר קיימות בידי הצבא, ואשר סותרות את המסקנות כי יהודה אינו בחיים". לדברי כץ, הרבנים היו מזועזעים לאחר שהטעו אותם. "הרב אליהו הוציא מייד מכתב לרבצ"ר בו אסר עליו להשתמש בפסק דינו הקודם. הגר"ש עמר ביקש מהרבצ"ר לשקול הקמת בית דין מיוחד לשמיעת טענות המשפחה שיבדוק מה עלה בגורלו של יהודה, וזאת לאחר שהבין כי עמדת המשפחה לא נשמעה וכי לא כל הנתונים הובאו לעניינו". לבקשה זו הצטרף גם הרב עובדיה יוסף שנפגש עם אחותו של יהודה כץ.

בית המשפט הגבוה לצדק קיבל אז את הטענות והורה לצה"ל לבטל את הכרזתו של יהודה כץ כחלל ולהמשיך את החיפושים אחריו. בני המשפחה טענו כי בעקבות ההכרזה קיבלה אמם אירוע מוחי. גם הנוירולוג פרופ' נתן בורנשטיין קובע בחוות דעת, כי האירוע המוחי הוא תוצאה של סערת רגשות שהחלה בהכרזתו של יהודה בנה כחלל.
עתה תובעת המשפחה פיצויים על המחלה ומימון כל הטיפולים הרפואיים. "במסגרת משפט זה יצטרכו לעלות על הבמה כל העדים, כולל הרב הראשי הצבאי, ולהסביר כיצד התקבלה ההחלטה השגוייה, מי אשם במחדל ומי רצה כל כך לסגור את התיק ומדוע".

דובר צה"ל מסר בתגובה ל"משפחה": "נציגי צה"ל היו בקשר עם משפחת כץ בכל מהלך החקירה. החומר המודיעיני הוצג לרבנים הראשיים במלואו ע"י אנשי המודיעין, בליווי הרב הראשי לצה"ל. צה"ל המשיך וימשיך במאמציו לאיתור והשבת נעדרי סולטן יעקב, מאמץ שלא הופסק מעולם".