צוות החקירה המיוחד שהוקם במשטרה לחקירת אירועי עמונה נעזר בסוכני חרש, מטעם השב"כ או המשטרה, על מנת לזהות ולאתר אנשים שצולמו כשהם מתנגדים לפינוי באופן פעיל. כך טוענים בזכויות האדם ביש"ע.

מהארגון נמסר לערוץ 7 כי נתון זה התברר במהלך דיון שהתקיים לפני יומיים בבית משפט השלום בירושלים, בעניינו של צעיר תושב בית אל שנעצר בחשד לידוי אבנים בעמונה. כאשר התבקשו נציגי המשטרה להציג את הראיות נגד העצור – הצהירו כי המשטרה מכינה צו חסיון מינהלי, כדי למנוע גילוי החומר ע"י הסנגוריה. הוצאת צו חסיון כזה מצביעה למעשה על כך שהצעיר זוהה ואותר ע"י אדם שזהותו סודית ואסורה בפרסום
עו"ד נפתלי ורצברגר, שיצג את הצעיר שנעצר, אומר כי צו חסיון מסוג זה מקובל להפעיל במקרים של מלחמה בפשע המאורגן, או במקרים של סכנה לבטחון המדינה. הפעלת אמצעים מסוג זה בחקירות של אירועי הפרות סדר הינה חסרת תקדים, אומר עו"ד ורצברגר, שמאחוריו עשרות שנים של דיונים בבתי משפט בהגנה על אנשי ימין שנחשדו בעבירות של הפרות סדר, הפגנות וכדומה.

ארגון זכויות האדם ביש"ע אומר בתגובה כי "משטרת ישראל ממשיכה להתייחס למתנגדי הפינוי בעמונה כאל אויבי המדינה: יחס עויין זה התבטא במהלך הפינוי עצמו בשימוש בכח מתוך כוונה לפצוע ולגרום כאב ונזק גופני ונפשי רב, ועתה הוא בא לידי ביטוי בשיטות החקירה, שיטות המקובלות במאבק נגד אויבים, ולא באכיפת חוק נורמטיבית כנגד מפגינים. גישה זו של משטרת ישראל מאלצת אותנו להתייחס למשטרה כאל גורם עויין".