ישיבת נחלים, תחת ראשותו של הרב יוסף בא גד, נקלעה לחובות גדולים ולגרעונות שנתיים בהיקף של 3 מליון ₪ מדי שנה. לאחרונה התעוררה סכנה שנושי הישיבה יבקשו את פירוק העמותה שהפעילה את הישיבה.

מרכז ישיבות "בני עקיבא" נחלץ להצלת הישיבה ודאג להחלפת חברי ועד העמותה. בין היתר מונה ראש ישיבות בני עקיבא, הרב חיים דרוקמן ליו"ר העמותה. כמו כן, נבחר הרב שמואל לורנץ לעמוד בראש ישיבה, במקומו של הרב יוסף בא גד ואבי שחר מונה לתפקיד מנכ"ל הישיבה. הרב לורנץ אף הנהיג בישיבה תוכנית חינוכית חדשה הזוכה לאמון ההורים והתלמידים ומעוררת רישום מוגבר של תלמידים לשנה הבאה.

מנכ"ל מרכז ישיבות "בני עקיבא", אלחנן גלט, אמר שהוא רואה חשיבות רבה בהצלת ישיבת נחלים הנחשבת לספינת הדגל של הציונות הדתית.