ביקורת נמתחה בבג"ץ על התנהלות היועהמ"ש מזוז בפרשת הרב הראשי הרב יונה מצגר. הרב מצגר עתר לבג"ץ בדרישה לבטל את החלק בחוו"ד של מזוז שבו דרש מזוז כי הרב יפרוש מתפקידו בטרם יובא עניינו בפני הועדה למינוי דיינים.

בסופו של דיון שנערך היום בבג"ץ אמרה השופטת דורית ביניש כי דבריו של מזוז בדו"ח בעניינו של הרב מצגר, מרוקנים מתוכן את ההליך המשמעתי נגד הרב. השופטים המליצו כי ייערך לו שימוע בפני שר המשפטים בטרם יוחלט אם יעבור הנושא לועדה כמו כן קבעו כי המלצות היועץ מזוז אינן מחייבות את שר המשפטים.

במהלך הדיון תהה בא כוחו של הרב מצגר, עו"ד דוד ליבאי כיצד זה מזוז קובע שאין ראיות להעמיד את הרב מצגר לדין פלילי וכי הוא סוגר את תיק החקירה, אך בחלק השני של הדו"ח הוא ממליץ לרב לפרוש וזאת בטרם יובא לדין משמעתי בועדה למינוי דיינים. כתבתנו רותי אברהם מוסרת כי ליבאי אמר שחלק זה בדו"ח נראה כפסק דין סגור ולא כהמלצה. הוא הוסיף כי נעדרת ממנו לחלוטין המילה "לכאורה", המניחה חפות בטרם משפט.

ליבאי ציין כי בכל התקדימים שהובאו בידי היועץ כמו: צחי הנגבי, בנימין נתניהו, פרשת בראון, פרשת ניצב מזרחי, התיק נסגר ולא הוטל באנשים פגם או סטיגמה כזו שפוסלת מהם לשמש בתפקידם.
למעשה, אמר ליבאי היועץ המשפטי הכריז שמדובר בהליך מנהלי שבו הוא בודק את התאמתו של הרב מצגר לכהונת רב ראשי לישראל.

ליבאי הוסיף וטען כי היועץ המשפטי מזוז סובר שהרב מצגר אינו דובר אמת, אבל בעצם הדבר לא הובא כלל לתגובתו "כיצד ממהרים לקבוע שרב ראשי אינו אומר אמת מבלי לתת לו פתחון פה? היכן היא הזהירות? שאל ליבאי. הוא דחה הצעה כי הרב מצגר יישלח לשימוע אצל שר המשפטים רמון ואמר כי הוא מתקשה לקבל את העובדה שהיועהמ"ש שולח את הרב הראשי לשימוע בפני "שר פוליטי".

כמו כן אמר כי עם חוות דעת שכזו אין סיכוי שהרב מצגר יישמע 'בלב פתוח' אצל השר.