אמנם הקמת בית כנסת בקיבוץ כבר אינה מאורע יוצא דופן - כי ברבים מהקיבוצים בארץ יש היום בתי כנסת המשמשים לעלייה לתורה, לבריתות ובעת החגים. אולם בדגניה, מיקומו של בית הכנסת באתר ההיסטורי המנציח את מקימי הקבוצה, מעורר זעם רב.

"במלאות 70 שנה לדגניה הוחלט לשפץ את מבני החצר ולהפכם למרכז חברתי-תרבותי - על מנת להנציח את זכרם של המקימים", נכתב באתר האינטרנט של הקיבוץ. אך מנהלת מוזיאון בית גורדון בקיבוץ, עמליה אילן משוכנעת כי הקמת בית כנסת ב"חצר ראשונים" אינה מתאימה למטרות המרכז: "בית כנסת במקום נוגד את כל התפישה של ראשוני דגניה ואת המהות של אנשי העלייה השנייה. הרי אותם אנשים באו כולם מבתים דתיים ובחרו שלא להקים כאן בית כנסת. זו פגיעה בוטה בכל מה שהם האמינו בו". לדברי אילן, "השוויון בין המינים, השירים והריקודים היו חלק מהוויית החיים של הראשונים. מתאים להקים במקום חדר מוסיקה או ספרייה, לא בית כנסת".

"זה נראה לי אבסורד", אומרת גם רותי שדמון, חברת אשדות יעקב מאוחד הסמוך, "הרי החלוצים שהקימו את הקיבוץ הפנו עורף לתפילה ופנו לדת העבודה. יקרה במקום עיוות היסטורי - המבקרים יחשבו שהחלוצים הקימו בית כנסת. החלוצים נשאו את דגל החילוניות, ועם זאת היה להם יחס רגשי מאוד למקורות, לתנ"ך ולחגי ישראל, אבל לא לתפילה בבית כנסת".

שי שושני, מזכיר הקיבוץ, אומר בתגובה כי "לא מדובר בבית כנסת ברוח ש"ס. מעולם לא הובעה בדגניה התנגדות לתפישה ש'איש באמונתו יחיה', גם לא בקרב אנשי העלייה השנייה. בכלל, לא מדובר ממש בבית כנסת. לא יהיה פה שלט ולא יתפללו בו אברכים. מדובר בחדר בתוך המתחם שאפילו נותן למקום צביון מכובד. אנשים רוצים לשמוע בחגי תשרי תקיעת שופר, לעלות לתורה או לעשות ברית מילה. המתחם ממשיך לארח קבוצות שלומדות על ראשוני דגניה. זה מקום מאוד פלורליסטי ברוח ובהבנה טובה".