שופט בית משפט השלום בפתח תקווה, א.ד. גולדס גזר על קיבוץ גבעת השלושה קנס בגובה 200,000 ש"ח בגין גרימת מפגעים סביבתיים. והתחייבות כספית בסך 350,000 ש"ח שלא לעבור את העבירות בגינן הורשע למשך שנתיים, בכל הקשור לעבירה על חוק המים.

קיבוץ נחשונים הואשם כי בתאריכים שונים בשנים 1998-2003 ניהלו את הרפת באופן בו לא טופלו שפכי הרפת כנדרש. שפכי הרפת זרמו ללא טיפול מחצרות הרפת אל מחוץ לרפת לכיוון נחל מזור, ערמות זבל היו מונחות על משטחים לא אטומים, ללא סככות ומאצרות, לא היתה מערכת מסודרת לאיסוף כל תשטיפי הרפת ורוב המרזבים מוקמו בתוך חצר הרפת במקום מחוצה לה. עקב כך מי גשמים חדרו לרפת, התערבבו עם שפכי הרפת והזבל, זרמו וחלחלו בצורה לא מבוקרת אל רשות הרבים, תוך חשש לזיהום מים עיליים ותחתיים.

הנאשמים הואשמו כי לא נמנעו מפעולות הגורמות או עלולות לגרום לזיהום מים, וכי הפעילו עסק טעון רישוי ללא רשיון עסק, עבירות על חוק המים, וחוק רישוי עסקים.

לאחר שהושלמו רוב העבודות להסדרת הרפת, אימץ בית המשפט הסדר טיעון בין הצדדים, לפיו הורשע הקיבוץ, על סמך הודאתו, בעבירות המיוחסות לו בכתב האישום, והנאשמים נמחקו מכתב האישום.

על הקיבוץ הוטל קנס בסך 200,000 ש"ח, והתחייבות כספית בסך 350,000 ש"ח שלא לעבור את העבירות בגינן הורשע למשך שנתיים, בכל הקשור לעבירה על חוק המים. כמו כן נקבע, כי הקיבוץ יגיע להסדר חתום עם המשרד לאיכות הסביבה לעניין אופן פינוי הזבל מן הרפת.