במענה לעתירתו של הסוכן הישראלי פולארד נגד מינויו של רפי איתן לשר, הגיש השר איתן תגובה ובה ביקש למחוק על הסף את העתירה, בטענה כי אין בה כל נימוק שיכול לפסול את איתן מלכהן כשר בממשלה.
טענתו העיקרית של פולארד כלפי איתן היא שכאשר פולארד הגיע לשגרירות ישראל בוושינגטון כדי לבקש מקלט, נתן איתן הוראה שלא להכניסו לבניין. איתן מכחיש את הדברים לחלוטין. "פולארד מסביר, שאת המידע הזה למד מהאמריקאים במהלך חקירתו. אכן, אפשרי בהחלט שהחוקרים סיפרו לפולארד שאיתן הפקיר אותו. ברור שאם הדברים נאמרו הייתה מטרתם להעלות את חמת פולארד ולגרום לכך שיחשוף את מידת מעורבותו של איתן בפרשת הריגול. זו שיטת חקירה שכיחה, ובודאי שאין מקום להניח שדברי החוקרים האמריקאים בנסיבות אלה היו אמת", כך טוען בא כוחו של השר איתן, עו"ד יורם אלרואי.
השר איתן הוסיף והבהיר "בדרך שאינה משתמעת לשתי פנים", כי אין בידיו כל מסמך או כל העתק של מסמך הקשור בפולארד, וכי "אין בידיו לתת לאיש מסמך כזה, ואין הוא מכיר מסמך העשוי להציל את פולארד".
עו"ד אלרואי טוען, כאמור, שהעתירה חסרת בסיס ואינה נתמכת בראיה כלשהי.
"הוועד להשבת יהונתן פולארד הביתה" אמר בתגובה כי "צביעותו של רפי איתן איננה יודעת גבולות. הוא מפחד פחד מוות מהיום שבו יהונתן ישוחרר והוא יאלץ להסתכל לו בעיניים".
"כשרפי איתן רצה להיבחר לכנסת הוא השתמש בשמו של פולארד על מנת להשיג לעצמו כותרות ראשיות בעיתוני סוף השבוע ולמשוך תשומת לב לריצתו לכנסת. כשרפי איתן הוזהר שמינוי של מפעיל פולארד לשר יכעיס את האמריקנים וזעמם ייצא על פולארד וייפגע בשחרורו הוא התעלם והמשיך לרוץ לאור הזרקורים", נמסר בהודעתם, "אך כאשר הוחתמה עצומת ח"כים למען פולארד לפני פגישת אולמרט-בוש, רפי איתן עבר מחבר כנסת אחד למשנהו ושכנע אותם שלא לחתום על העצומה בטענה שהנושא צריך להיות מטופל בשקט".