בג"ץ דחה עתירה להזיז את התוואי צפונית לנבי סמואל. את העתירה הגישה חברה ישראלית 'הקרן ליד מדרשת א"י', בטענה כי התוואי שעובר על קרקעות שבבעלותה, יותיר אותם בצד הפלשתיני. כתוצאה מכך ירד ערך הקרקעות וייפגע כוח המיקוח שלה במהלך המו"מ שמנהלת החברה עם הממונה על הרכוש הממשלתי והנטוש ביו"ש, לקבלת קרקעות מדינה חלופיות.
המדינה טענה לעומת זאת כי התוואי נבחר בהתאם לצרכי ההגנה על "אצבע גבעת זאב" שעל כביש 436, כביש המוביל מגבעת זאב לירושלים. עוד טענה המדינה כי מדובר בשטח קטן כיון שחלק מהקרקעות עליהן מדובר נמצאות בשטח פארק נבי סמואל שהוא שטח "פארק מוכרז" ואי אפשר לבנות עליו בתים. יתירה מכך הזזת התוואי תפגע בפלשתינים, "שינוי תוואי הגדר יבוא על חשבון פגיעה דומה בחלקות פרטיות של פלשתינים תושבי האזור", טענה המדינה.
השופטים ברק, בייניש ופרוקצ'ה קיבלו את הטענה כי התוואי שנקבע 'עדיף באופן משמעותי' מהתוואי החלופי שהוצע על ידי החברה, וכן כי הפגיעה שנגרמה לחברה היא 'מידתית' שכן חלק מהשטח נמצא בשטח פארק וממילא לא ניתן לבנות עליו. הם הוסיפו: "לא למותר לציין כי הסטת התוואי צפונה אף לו היתה אפשרית מבחינה בטחונית, הינה כרוכה בפגיעה בחלקות קרקע אחרות. מקובלת עלינו עמדתו של המפקד הצבאי לפיה לענין זה אין עדיפות לחברה הישראלית על פני נפגעים אפשריים אחרים".
המדינה טענה לעומת זאת כי התוואי נבחר בהתאם לצרכי ההגנה על "אצבע גבעת זאב" שעל כביש 436, כביש המוביל מגבעת זאב לירושלים. עוד טענה המדינה כי מדובר בשטח קטן כיון שחלק מהקרקעות עליהן מדובר נמצאות בשטח פארק נבי סמואל שהוא שטח "פארק מוכרז" ואי אפשר לבנות עליו בתים. יתירה מכך הזזת התוואי תפגע בפלשתינים, "שינוי תוואי הגדר יבוא על חשבון פגיעה דומה בחלקות פרטיות של פלשתינים תושבי האזור", טענה המדינה.
השופטים ברק, בייניש ופרוקצ'ה קיבלו את הטענה כי התוואי שנקבע 'עדיף באופן משמעותי' מהתוואי החלופי שהוצע על ידי החברה, וכן כי הפגיעה שנגרמה לחברה היא 'מידתית' שכן חלק מהשטח נמצא בשטח פארק וממילא לא ניתן לבנות עליו. הם הוסיפו: "לא למותר לציין כי הסטת התוואי צפונה אף לו היתה אפשרית מבחינה בטחונית, הינה כרוכה בפגיעה בחלקות קרקע אחרות. מקובלת עלינו עמדתו של המפקד הצבאי לפיה לענין זה אין עדיפות לחברה הישראלית על פני נפגעים אפשריים אחרים".