איכות אוויר טובה מאד נרשמה ביום הכיפורים בכל תחנות הניטור של המשרד לאיכות הסביבה. עם כניסת החג ירדו באופן דרסטי ריכוזי תחמוצות החנקן, המהוות סמן לזיהום אוויר מכלי רכב בתחנות התחבורתיות בגוש דן ובירושלים.
ריכוזי תחמוצות החנקן ביום הכיפורים בגוש דן עמדו על ערכים שבין 2 - 15 חלקים לבליון, כאשר בצאת החג עלו ריכוזים אלה עד ל- 155 חלקים לבליון.
בתחנת "כלל" מול שוק מחנה יהודה בירושלים, הריכוזים צנחו מ- 210 חלקים לבליון בשעה 14:00 בערב יום הכיפורים ל- 2 - 10 חלקים לבליון עם כניסת החג ועד ליציאתו.
התופעה הזו של יום הכיפורים ייחודית באופן טבעי רק בישראל, ומודגשת בעיקר בגוש דן ובירושלים, אזורים המושפעים מזיהום אוויר מכלי רכב. השיפור הרב באיכות האוויר ביום הכיפורים מדגים את ההשפעה של התחבורה כמקור העיקרי לזיהום האוויר בערים הגדולות.