האגף , שנקרא על שם שמואל וסיידי ברונפמן, יעבור תהליך מקיף של התחדשות בתמיכת הבן צ'רלס ברונפן, ילדיו ונכדיו. מטרת השיפוץ היא להעשיר את חוויית הביקור תוך שימוש באמצעים ידידותיים ועדכניים למבקר ובדרך בהירה ונגישה.
אגף הארכאולוגיה במוזיאון ישראל נחנך עם פתיחתו של מוזיאון ישראל, לפני יותר מ-40 שנה, מאז כמעט ולא חלו בו שינויים. עתה, יעשה נסיון ראשון מסוגו לספר באופן רציף את סיפור ההיסטוריה של תרבויות ארץ-ישראל, סיפור המשתרע על פני מליון וחצי שנה.
התצוגה תאורגן מחדש ותכלול 8,000 ממצאים ארכאולוגיים יחידים במינם, להם יתווספו תגליות מהעת האחרונה ותתפרש על פני 4,000 מ"ר. תרבויות הארץ השונות יוצגו בה בשבעה פרקים, למן התקופה הפרהיסטורית ,דרך התקופה המקראית וההרודיאנית ועד לתקופה הצלבנית , ובלווית ממצאים מן התרבויות השכנות: מצרים, מסופוטמיה, פרס, יוון ורומא. אולמות נוספים יוקדשו לתצוגת זכוכית עתיקה, מטבעות וראשית הכתב העברי.
במהלך התקופה יוצגו ממצאים נדירים ובעלי חשיבות מיוחדת מתוך האוסף הגדול בתצוגות מיוחדות באזורים שונים במוזיאון ובמוזיאון רוקפלר. אתר המוזיאון יציג במשך הזמן את מירב האוסף הארכאולוגי וכן שלבים בהתקדמות תהליך השיפוץ. כן מוזמן הקהל ליהנות מן התצוגה המחודשת בהיכל הספר, מממרכז המבקרים החדש ומדגם בית שני שהועתק לאחרונה אל משכנו החדש , בסמוך להיכל הספר.
האגף יסגר ב-3 בדצמבר 2006. שיפוץ האגף הארכאולוגי הוא השלב הראשון בתהליך ההתחדשות המקיף המתוכנן במוזיאון ישראל, החל מקיץ 2007 .