הכשרת המפקדים הבכירים בצה"ל מתבצעת באופן לקוי, ללא מנגנון פיקוח נאות ובניגוד להנחיות הרמטכ"ל" - כך עולה מדו"ח נרחב שמפרסם כעת מבקר המדינה, על מערכת הביטחון.
מבדיקת משרד המבקר עולה כי חלק ניכר מהקצינים בדרגת אלוף-משנה ומעלה לא עברו מעולם הכנות בסיסיות שנדרשות לתפקודם היומיומי. בדברי המבוא למסמך מתריע המבקר, מיכה לינדנשטראוס, על בעיות מהותיות שאותרו במערך ההכשרה עצמו, וחלקן אף באו לידי ביטוי במלחמת לבנון השנייה, לדבריו.
"סכנה של היעדר שפה מקצועית משותפת וברורה, שהיא הכרחית לבנייה, לניהול ולפיקוד על המסגרות הגדולות בצה"ל בשגרה ובחירום". לדעת המבקר, "חלק לא מבוטל מן הביקורת עוסק באותן הבעיות, שבאו לידי ביטוי בהתנהלות מערכת הביטחון במלחמה".
השופט לינדנשטראוס התייחס לתהליכי התכנון והתקצוב בצה"ל, "דרישות התקציב של מערכת הביטחון לא נשענו על תשתית מספקת, וחלק מדיווחי צה"ל לגורמים שמחוץ למערכת הביטחון לקו בהצגה חלקית או מחמירה של משמעויות הקיצוצים התקציביים בתקציב הביטחון", נכתב בדו"ח.
"הליקויים שעלו בדו"ח מצביעים על מציאות, שבה תהליך התכנון בצה"ל מתנהל באופן ובכלים שאינם מבטיחים מיצוי מיטבי של המשאבים העומדים לרשות צה"ל", כתב המבקר.
המבקר מציין כי משרדו התריע בעבר על הצורך הקיים בבניית תכנית תקציב רב-שנתית למערכת הביטחון, בשיתוף האוצר, תכנית שתבטיח, כי משאביה המצומצמים של המדינה ימוצו באורח מירבי שיבטיח את מוכנותה הביטחונית של מדינת ישראל לכל עימות עתידי.
בדו"ח נכתב גם כי ניכר גידול של כ-10% בשיעור הפטור משירות צבאי מטעמים דתייים לנשים. בשנת 2004 עמד שיעור הפטור הנ"ל על 29.9%, לעומת 27.4% בשנת 2001.
בדו"ח נמתחה ביקורת על הטיפול בהסרת לוחות אזבסט בצה"ל ובמשרד הביטחון. "הסכנה לחיי אדם הטמונה באזבסט ידועה שנים ארוכות, חרף זאת, נתגלתה במהלך הביקורת סחבת ארוכה וליקויים רבים בטיפולה של מערכת הביטחון בהסרת לוחות האזבסט באותם מבנים המשרתים את חיילי צה"ל ואת עובדי מערכת הביטחון", כותב המבקר.
דו"ח המבקר חושף ליקויים שונים בתפקודה של הקריה למחקר גרעיני (הכור בדימונה). המבקר כותב כי "בקריה למחקר גרעיני השתרשו נורמות פסולות בתחום ניהול משאבי האנוש, אשר כללו אי-מילוי הוראות כנדרש, וגורמי הפיקוח והבקרה לא פעלו ביעילות הנדרשת".
בדוח הביקורת השנתי שלו מפרסם המבקר כשלים שמצא בטיפול בתלונות על הטרדות מיניות בצה"ל, בהם ליקויים, חלקם מהותיים, בתפקוד הפרקליטות הצבאית, המשטרה הצבאית החוקרת (מצ"ח) ובתי הדין הצבאיים. "ליקויים אלה, שרובם נובעים מאי-ביצוע פקודות ומבקרה לקויה, גורמים לכך שההנחיות המחמירות שקבע הרמטכ"ל לטיפול בהטרדות מיניות בצה"ל אינן ממומשות במלואן ופוגעים ביכולת לשרש את נושא ההטרדות המיניות בצה"ל", כתב המבקר.
מדובר צה"ל נמסר בתגובה, כי "כלל הנושאים המוזכרים בדו"ח מבקר המדינה עברו תהליך יסודי של בחינה וחלק ניכר מהם טופל עוד בשלב ביצוע הביקורת. בצה"ל גובשה תוכנית עבודה סדורה להשלמת הטיפול בכלל ההמלצות והממצאים שהועלו בדו"ח".