במהלך תוכנית העקירה מגוש קטיף וצפון השומרון הייתה בקרב הציבור הדתי והימני מחלוקת סביב שאלת סירוב הפקודה. היו שסברו כי על חיילי צה"ל לסרב פקודה ולא לתת יד לגירוש יהודים מבתיהם והיו שטענו כי הצבא הוא ערך עליון במדינה וכי סרבנות עלולה להמית אסון.
במהלך תקופה זו נעצרו מספר חיילים בסדיר ובמילואים לאחר שהודיעו כי לא יתנו יד לעקירת יהודים וחלקם אף הצהירו כי הם מוכנים לשבת בכלא ולשלם את המחיר.
מסמך של הפרקליטות הצבאית שהגיע לידי "הארץ" מונה 163 מקרי סרבנות או איום בסרבנות של חיילים בסדיר, בקבע ובמילואים לפני ההתנתקות ובמהלכה. נגד שלושה מהסרבנים הוגשו כתבי אישום (אחד מהם נשפט למאסר בפועל), 65 חיילים נשפטו בדין משמעתי (46 מהם נדונו לעונשי מחבוש בפועל, שנעו בין 6 ימים ל-56 יום). נגד עוד 49 קצינים וחיילים ננקטו צעדים פיקודיים, כמו נזיפה או הדחה מתפקיד פיקודי.
את המסמך הגישה התביעה הצבאית בעת משפטו של סרן משה בוטיביה, שהסתיים בשבוע שעבר. בוטיביה, תושב קרית ארבע שימש כמפקד פלוגת הנדסה המפעילה ציוד מכאני כבד באוגדת יהודה ושומרון. לקראת ההתנתקות, קיבלה הפלוגה שלו פקודה לחסום את הכביש המוביל לישובים שא-נור וחומש, כדי למנוע הזרמת תגבורות של מתנגדי ההתנתקות לשני היישובים הללו. בוטיביה סירב פקודה - הוא נעצר לכמה שבועות, ולאחר מכן הותר החוזה שלו לשירות קבע בצה"ל.
הסנגור של בוטיביה, עו"ד קובי סודרי, ניהל מאבק ארוך מטעמו. בתום משפט ממושך, פסק בית הדין הצבאי של פיקוד המרכז כי יקבל נזיפה חמורה ומאסר על תנאי. השופטים, בראשותו של אלוף-משנה אבי לוי, קיבלו את בקשתו של סודרי להתחשב "ברקע של הנאשם ובקיצוניות של הסיטואציה שאליה הושלך".
שופטי הרוב הזכירו, כי בוטיביה היה קצין מצטיין שיועד לו קידום עד לפרשת הסירוב וקבעו כי "על צה"ל ועל בית הדין להיות רגישים בהקשר זה לפרט, לקשייו ולמצוקתו וגם אם טעה - להימנע מלפגוע בו בצורה קיצונית. הנאשם נמנה על אוכלוסיית המתנחלים, אשר בניה נעקרו מבתיהם ולפיכך יש לראות את סירובו על רקע זה". שופט המיעוט סבר, כי יש להוריד את הקצין לדרגת סגן משנה. בכיר בפרקליטות הצבאית אמר ל"הארץ", שהתביעה שוקלת לערער על קולת העונש: "מאסר בפועל כבר לא ישרת דבר. אבל אנחנו סבורים שקצין שסירב פקודה בשעת מבחן לא יכול להישאר קצין", טען.
מהמסמך עולה כי רק בשלושה מקרים בחרה הפרקליטות בהליך פלילי נגד סרבנים. מלבד בוטיביה, הרב החטיבתי שקרא לסירוב מול מצלמות הטלוויזיה במחסום כיסופים נדון לארבעה וחצי חודשי מאסר בפועל והורד לדרגת טוראי. כתב האישום השלישי הוגש נגד קצין מאגף הטכנולוגיה, שחזר בו מסירובו במהלך ההתנתקות, השתתף בפינוי ונדון לבסוף לנזיפה.
הבכיר בפרקליטות מסביר, שברוב המקרים העדיפה התביעה לפנות להליך המהיר של דין משמעתי. רבים מהסרבנים, שקיבלו ייעוץ מארגוני ימין, אמנם דרשו להעביר את עניינם לבית דין - אך צעד זה ננקט רק כלפי שלושת הקצינים. בדין המשמעתי הוטלו עונשי מחבוש בעיקר על חיילים סדירים, שסירבו בפועל לבצע משימה הקשורה בהתנתקות.
אבי ביבר, חייל ההנדסה שהפך לנער הפוסטר של הסרבנים עקב מחאתו מול מצלמות הטלוויזיה בשירת הים, ספג את העונש הכבד ביותר - 56 יום. נגד 49 קצינים וחיילים ננקט הליך פיקודי, של נזיפה, הדחה מתפקיד או הדחה מקורס פיקודי. ברוב המכריע של המקרים, בחר הצבא שלא להתעמת כלל עם מילואימניקים שאמנם הצהירו על כוונתם לסרב אך בפועל לא נקראו לשירות.
עוד מדווח 'הארץ' כי בסביבת הפרקליט הצבאי הראשי מרוצים בסך הכל מהתוצאות. "קבענו מראש מדיניות מסודרת ועמדנו בה", אומר הגורם הבכיר. "החשש היה מגל גדול, שבו סרבן יביא בעקבותיו סרבנים נוספים ולכן היה צורך במאמץ מרוכז לזמן קצר. ברוב המקרים אכן פעלנו מהר. זה יהיה יומרני להגיד שהנחישות שלנו מנעה סרבנות, אבל האכיפה המהירה תוך כדי ההתנתקות הבהירה לחיילים שאנחנו מתכוונים ברצינות".