תחקיר אירוע הפגיעה ב'אח"י חנית' שאירע ב-14 ביולי 2006, הוצג לראש המטה הכללי, רב-אלוף דן חלוץ. על סמך ממצאי התחקיר, קבע הרמטכ"ל כי האחריות הכוללת לאירוע הינה בראש ובראשונה של מפקדת חיל הים, המבצעית והמודיעינית ובראשה מפקד חיל הים.
הרמטכ"ל הנחה על נקיטת שורה של צעדים פיקודיים כנגד המפקדים בחיל הים, אשר נמצא כי להם אחריות על ליקויים שונים, אשר עלו במהלך בדיקת האירוע. ראש מספן המודיעין של חיל הים, קצין בדרגת אלוף-משנה, ננזף פיקודית בפני הרמטכ"ל.
מפקד שייטת ספינות הטילים, קצין בדרגת אלוף-משנה, ננזף פיקודית על ידי מפקד חיל הים לאור הליקויים המקצועיים והמבצעיים שנחשפו בתחקיר. מפקד "אח"י חנית", ננזף אף הוא על ידי מפקד חיל הים, בגין אחריותו לליקויים שנמצאו בספינה. כמו כן, נקבע כי תפקידו הבא של מפקד הספינה לא יהיה תפקיד פיקודי, אלא תפקיד מטה. מפקד בסיס חיל הים בחיפה נזף פיקודית בקצין המכונה ובקצין האלקטרוניקה של 'אח"י חנית'. קצין האלקטרוניקה סיים את תפקידו ומשרת בתפקיד חוף.
חיל הים הציג בעבר את ממצאי התחקיר באירוע פגיעת הטיל בספינת הטילים אח"י חנית. ארבעה חודשים עברו מאז פגיעת הטיל בספינה מול חופי לבנון, שבה נהרגו ארבעה חיילי צה"ל.
מהתחקיר עולה כי נמצאו ליקויים באופן שבו הבינו הכוחות את המציאות המבצעית והפנימו אותה. הדבר השפיע על התפקוד המבצעי באירוע, שהיה לקוי. בנוגע לתמונת המודיעין לפני האירוע, נמצא כי למרות שלא היה מידע מדויק אודות כלי הנשק שבידי ארגון הטרור 'חיזבאללה', היו חלקי מידע שהתקבלו בחיל הים בעבר, אשר יכלו להוביל להנחה מבצעית שלפיה ייתכן ויש לאויב חימוש חוף ים. הספינה הפליגה במרחק של כ-31 קילומטר מחופי לבנון, מבלי שהיתה ערוכה לאפשרות של ירי טיל כזה.
עוד עולה מהתחקיר כי במכ"ם הספינה אירעה תקלה, שהפחיתה את יכולת הגילוי שלו. בנוסף החליט קצין האלקטרוניקה בספינה לכבות את מערכת ההגנה של הטיל נגד טילים "ברק", שעשויה היתה ליירט את הטיל האיראני. הוא הסביר זאת בחשש שהפעלה ממושכת מדי של המערכת תפגע בתפקודה בימים הבאים שבהם תפעל הספינה. קצין האלקטרוניקה לא דיווח למפקד הספינה על התקלה במכ"ם, וגם לא על החלטתו לכבות את מערכת "ברק".