תוואי גדר ההפרדה ביהודה ושומרון שונה בשני מקומות לפחות באופן משמעותי ביחס לתוואי הגדר המקורי עליו החליטה הממשלה בשנת 2003. הסיבה: בתים ערביים לא חוקיים שנבנו על התוואי המתוכנן.
שינוי אחד הוא באיזור צומת יקיר הגדולה ממערב לאריאל, והשני באיזור חירבת עליה בסמוך לכניסה הצפונית לאפרת שבגוש עציון.
בשני המקומות התוואי הנוכחי ארוך בהרבה מן התוואי המקורי ועלותו למערכת הביטחון ולמשלם המיסים הישראלי גבוהה בהרבה.
בשני המקרים הנ"ל השינוי פוגע ביהודים: כתוצאה משינוי התוואי אמור להיחסם ציר מרכזי המשמש כיום את הישראלים תושבי האיזור. באיזור יקיר יחסם ציר גיתי אבישר–צומת יקיר–רבבה, ובמקומו מתוכננת בעלות גבוהה סלילתו של כביש חלופי מאיזור מחלף נטפים, ציר המאריך באופן משמעותי את זמן הנסיעה לתושבי האיזור הישראלים. באיזור חירבת עליה תחסם כליל הכניסה הצפונית לאפרת. באיזור אפרת נכנס התוואי הנוכחי לתוך תוכנית המתאר המאושרת של אפרת, בין גבעת התמר לגבעת הדגן, ופוגע בכך בהתפתחותה העתידית של העיר.
באיזור צומת יקיר הגדר מצויה בשלבי תכנון. באיזור אפרת כבר הוחל בבנייתה. השינויים נעשים בגלל מספר רב של מבנים לא חוקיים אשר נבנו במקום שלא כדין וללא קבלת כל היתר. מבנים אשר לפי כל אמת מידה של חוק ושיוויון אחת דינם להיהרס.
השינוי הזה, לפחות לגבי הגדר שבצומת יקיר, מהווה פגיעה ביטחונית, שכן התוואי המתוקן נמוך ומסוכן מן התוואי המקורי. בעוד שהתוואי המקורי עבר על גבעות שולטות, התוואי המתוקן עובר בוואדיות נמוכות ונשלטות. אין צורך להיות מומחי ביטחון גדולים בכדי להבין את האבסורד הביטחוני הטמון הכך.
בשבוע שעבר שיגרו ראשי "הוועד לשמירת אדמות הלאום", מכתבים לשר הביטחון עמיר פרץ, והיועץ המשפטי לממשלה מנחם מזוז, בדרישה שיביאו לשינוי תוואי ולהקפאה מידית של העבודות לבניית גדר הביטחון באזור צומת יקיר שבשומרון ובאזור העיר אפרת שבגוש עציון. "אין שום סיבה נראית לעין להסטת התוואי באזורים אלו מלבד התחשבות לא צודקת ולא הגיונית בבב"חים אלו" – כותבים ראשי הוועד – "ועל כן שינוי התוואי אינו סביר בעליל ואינו יכול לעמוד. אבקשכם להפעיל את סמכותכם הנתונה לכם על פי דין, איש איש בתחומו, ולהורות על החזרת התוואי לזה המקורי שאושר בהחלטת הממשלה. למצער, להורות על הקפאה מידית של העבודות לבניית הגדר באזורים אלו עד לבירור העניין".
ראשי הוועד מבקשים גם ממערכת הביטחון לעבור בדקדוק על הגדר כולה ולוודא שאין עוד מקרים כאלו. מסתבר כי גם מצלמות המעקב של שלום-עכשיו, באופן מפתיע, הן מצלמות מאד סלקטיביות: העדשות שלהן קולטות בבהירות כל קראוון וכל מבנה חדש בהתנחלויות, אבל אינן מסוגלות באופן מפתיע לזהות את אלפי הבתים הפלשתינים הבלתי חוקיים בשטחי C, השטחים הנמצאים באחריות המינהל-האזרחי של צה"ל.