תנועת החמאס שופכת מים צוננים על המשמעות המדינית של הסכם מכה להקמת ממשלת אחדות לאומית פלשתינית. דובר החמאס אומר (10 בפברואר 2007), כי "עמדות החמאס קבועות וידועות ובבסיסן אי ההכרה בלגיטימיות של הישות הציונית". לדבריו: "תנועת החמאס היא עניין אחד וממשלת האחדות היא עניין אחר. ממשלת האחדות הלאומית נשענת על מסמך ההסכמה הלאומית (מסמך האסירים) אשר אינו מכיר בישות הישראלית".



דובר החמאס הדגיש, כי ממשלת האחדות אינה נדרשת להכיר בישראל. אש"ף הכיר בישראל וזה עניינו, אמר. עוד הוסיף רדוואן וציין, כי תנועת החמאס תצטרף לאש"ף "בהתאם לאמות מידה חדשות על בסיס ארגון מחדש של אש"ף ואי ההכרה בלגיטימיות של הכיבוש".



בראיון לעיתון "אל-חיאת" ביום שבת אמר מנהיג החמאס ח'אלד משעל, כי סוגית ההכרה בישראל לא עמדה על הפרק בשיחות מכה. "לא נדרשנו לעשות כן, אנו הסכמנו על מצע מדיני של המשלה הזו ואנו חלק ממנה כמו שאר הכוחות ואנו מחויבים למה שהוסכם עליו במסמך ההסכמה הלאומי וכתב המינוי לממשלה... ואולם לכל ארגון יחזיק בעמדותיו המדיניות".