השנאה ליהדות ולישראל מוצאת ביטויה גם ביחס למערכת החינוך במצרים. ד"ר זאהי חוואס, מזכ"ל המועצה העליונה לעתיקות במצרים, הגיש תלונה רשמית לתובע הכללי נגד בית ספר פרטי לשפות. העילה לתלונה הוא שחומרי הלימוד בבית הספר טוענים כי "היהודים הם שבנו את הפירמידות" וש"המצרים הקדמונים הרגו ועינו את היהודים שלא השתתפו בבניית הפירמידות".
בתלונתו, כתב חוואס כי בית הספר מנסה לפגוע בשמם של המצרים הקדמונים, וזאת באמצעות "הפצת תיזות חסרות שחר ובלתי מבוססות". חוואס כתב בתלונתו שידוע כי המצרים הקדמונים היו אלה שבנו את הפירמידות בגיזה והתייחסו אליהן כפרוייקט לאומי.
במקרה אחר נדחתה בקשתו של רב יהודי אמריקאי להקים ועדה בינלאומית, שתפקח על שיקום "העתיקות היהודיות במצרים", הכוללות מקומות פולחן, רכוש ובתי קברות בקהיר ובאלכסנדריה. המצרים טוענים כי הפיקוח והשיקום של העתיקות היהודיות יכול להתבצע רק על ידי גופים מצריים.