שוטרי משטרת ירושלים עיכבו לחקירה את הרב ישראל אריאל, עקב מכתב ששלח לאלוף יאיר נווה, בו הוא כותב כי נווה חשוד לכאורה כי הוא 'מוסר', זאת בעקבות מעשיו כנגד המתנחלים.
מקורבי הרב מגיבים על למעצר בחומרה ואומרים כי "חזרנו לאותם ימים חשוכים בהם נרדפים רבנים עקב דעת תורה שהם מביעים".
ועד רבני יש"ע גינה את מעצרו היום של הרב ישראל אריאל, "מעצר זה הוא רדיפה דתית, סתימת פיות, ו"ציד מכשפות" חס וחלילה, ומזכיר לנו תקופות אפילות בהסטוריה של עמנו-בה רדפו את רבני ישראל על פסיקות הלכה ודעת תורה, שלא מצאו חן בעיני השלטונות הזרים".
הרב אריאל נעצר לפני כחודשיים בעניין זה וסיפר אז לערוץ 7 "לאחרונה הוציא קצין בצה"ל פקודה ל-20 משפחות לגרש אותן מיהודה ושומרון... אדם שהולך להתחתן או שהתחתן רק עכשיו ואומרים לו לעזוב את ביתו. חובתנו מבחינה הלכתית, כשפונות משפחות שנקרעו לגזרים ע"י הוראה של קצין, לעזור להן. פנינו אליו להתייצב מספר פעמים ולהסביר את עצמו ולעשות תשובה, אך הוא לא נענה ולכן אנחנו ממליצים לא לעלות אותו לתורה. מעלים לתורה מי שמקיים את התורה. המשטרה נזעקה למה לא מעלים אותו לתורה, הגיעו ימים טובים על ישראל שמשטרת ישראל דואגת לעלות קצינים לתורה".
הרב אריאל מתייחס לתביעה לדין תורה שהגישו תושבי המאחזים נגד קצין ממכמש הנמנה על הסגל המשפטי של הפרקליטות הצבאית ביו"ש. זאת משום שחתימתו מתנוססת על גבי צוים שהרחיקו אותם מבתיהם. הקצין סירב להתייצב.
בית הדין בראשות הרב אריאל מתח בפסק דינו ביקורת על הוצאת הצווים והורה לגבאי בית כנסת במכמש שלא להעלות את הקצין לתורה בבית הכנסת בישובו.