במערכת הביטחון ממתינים כעת להנחיות של שר-הביטחון עמיר פרץ, נוכח הבלבול שיצרה אצלם החלטת הממשלה. כך אומר גורם ביטחוני בכיר.
גורמים מדיניים אומרים כי הממשלה לא בחנה את כל ההשלכות של החלטתה, לפני שקיבלה אותה, וכעת עליה לתת תשובות על סדרת שאלות שאינן ברורות מאליהן: חוסר שיתוף הפעולה – באיזה דרגים מדובר? בכל רמה ובכל דרג?
עד כה החרימה מערכת הביטחון שרים ופקידים ממשלתיים מהחמאס, אולם קיימה מגעים עם דרגים נמוכים יותר מהפתח', כולל גורמים במנגנוני הביטחון הפלשתיניים. צה"ל אף נהג להזהיר מראש אנשי מנגנוני הביטחון הכפופים לאבו-מאזן, שלא להתקרב לאזורים בערי יו"ש בהם התבצעה פעילות של צה"ל נגד מחבלים, כדי שלא ייפגעו.
נוכח הקמת ממשלת האחדות והחלטת הממשלה מאתמול, ההפרדה בין הפתח' והחמאס שוב איננה קיימת. למעשה, על פי החלטת הממשלה על מערכת הביטחון לנתק את כל הקשרים עם כל הגורמים הפלשתינים הממשלתיים. במערכת הביטחון אומרים כי מהלך כזה איננו אפשרי, שכן בעיות רבות מחייבות מגעים בין הצדדים, כולל עם גורמים ממשלתיים. למשל – נושאי בריאות. נושא "שפעת העופות" טופל כל העת במגעים בין משרדי הבריאות והחקלאות, ברמה של פקידים. האם כעת ינותקו הקשרים על כל הסיכון שבדבר? כך גם מחלת הפה והטלפיים המשתוללת כעת ביו"ש. מחלות אינן מכירות גבולות. האם לא יהיה תיאום עם משרד הבריאות הפלשתיני בנושא?
כאמור, עד כה היו מגעים עם דרגי עבודה בכל הנושאים הללו, גם אחרי שקמה ממשלת החמאס. במערכת הביטחון ממתינים כעת להוראות השר בנושא, כדי להבין על בוריה את משמעות החלטת הממשלה.