כאשר שומעים ראשי עמותת דרכי נועם בפתח תקוה את הטענות על הריסת מבנה ישן בגבעת השלושה, הם מתקוממים. בתגובה לכתבה על הריסת המבנה אומר לערוץ 7 שמואל שיף, מנהל דרכי נועם בפתח תקוה:"כל מה שנהרס היה מתוכנן במילא להרס. מדובר במבנים ישנים שהיו מיועדים להריסה. אלו מבנים ישנים של פינוי אשפה וחדרי ספח שהוספו לאחר הבניה המקורית. לבקשת העיריה , וכדי לא לעורר סתם מחלוקות עצרנו את הבניה. אנחנו מתכוונים להמשיך ולבנות עד להקמת מבנה הישיבה במקום".
ראשיתה של המסגרת החינוכית החדשה בראשית שנות השמונים של המאה הקודמת. עד תש"מ ,למדו רוב ילדי הציבור הדתי לאומי במסגרת החינוך הממלכתי דתי הרשמי ומיעוטם בבית הספר "שארית ישראל" של החינוך העצמאי החרדי. עם התגברות הזרם התורני בקרב הציבור הדתי בכלל, ובפתח תקווה בפרט, נוצר רצון ליצירת מסגרת חינוכית שתתאים לערכים של ציבור זה.
בשנת תשמ"ב (1982) יזמה קבוצת הורים את פתיחת בית ספר "דרכי נעם", שהתחיל עם 13 ילדים בכיתה א' לבנים ולבנות יחדיו (עקב מספר התלמידים המועט). הרשויות התנגדו להקמת בית הספר ועל כן בית הספר נפתח כיוזמה פרטית של ההורים. משרד החינוך נאבק בתחילה בבית הספר ונשלחו שוטרים לבתיהם של ההורים ששלחו את ילדיהם לבית הספר, בטענה שההורים מפירים את חוק חינוך חובה. את המאבק ניהלו שלמה שפירא, יוסף שמשי ומאיר פלהיימר, ראשי העמותה בהקמתה.
למרות זאת בית הספר התפתח, וכבר בשנה השנייה הוקמו כיתות נפרדות לבנים ולבנות. בשנים הראשונות נדד בית הספר בין מקומות שונים, כאשר בכל שנה מצטרפת שכבת גיל נוספת לבתי הספר. לאחר שהמחזור הראשון סיים את כיתה ח', המשיכו הבנות ונפתחה אולפנה עבורן. לעומתן, קבוצת הבנים בחרה להתפזר בין ישיבות תיכוניות שונות, ורק המחזור השלישי נשאר וייסד את הישיבה התיכונית.
בית הספר היסודי התחיל את דרכו במבנה קטן ברחוב סעדיה גאון וכעבור זמן מועט עבר למבנה בכפר אברהם. כעבור שנים מעטות עבר לרחוב הנביאים בשכונת שעריה. לפני שנתיים עבר המבנה לרחוב אבי אורן למבנה חדש ומטופח למדי, שהיה שייך בעבר לתיכון הדתי "במעלה".הישיבה יושבת כיום בשכונת כפר גנים, סמוך למיקום ההיסטורי של קיבוץ גבעת השלושה.. הישיבה מפורסמת בשמחת בית השואבה שלה במוצאי יום טוב הראשון של סוכות.
האולפנה נדדה בין מספר מקומות, וכיום ממוקמת ברחוב הרב מימון 4 בשכונת אחדות בעיר. האולפנה מונה כ-350 בנות.