בתגובה לדו"ח אמנסטי התוקף את מדיניותה של ישראל ביהודה ושומרון קובעת ישראל בהודעה רשמית כי מדובר בדו"ח בלתי מוסרי, רצוף שגיאות ואי דיוקים עובדתיים.
בהודעה נכתב כי "ישראל רואה חשיבות בשמירה על זכויות אדם ומשקיעה משאבים לשם שמירתן, מתוך מחויבותה לערכים ולדין הבינלאומי".
על דוח אמנסטי קובעת המדינה כי הוא "מוטה חד-צדדי, בלתי מוסרי רצוף שגיאות ואי דיוקים עובדתיים ומשפטיים רבים, לרבות האזכורים המועטים של הטרור הפלסטיני אשר מחזיק את הבלתי מעורבים בו כבני ערובה, בהשתמשו בהם כמסווה וכמגן אנושי".
עוד נאמר כי הדו"ח אינו מתייחס בצורה ראויה לזכותה של ישראל להגנה עצמית ולצרכי הביטחון הלגיטימיים שלה, אלא מזכיר את הצרכים הביטחוניים בצורה אגבית בלבד, מבלי לתת לשיקולים אלו משקל אמיתי. גישה זו מוצאת ביטויה באופן מובהק בפרק ההמלצות, הכולל שורת המלצות מפורטות לישראל ולקהילה הבינלאומית בעוד שהרשות הפלסטינית נדרשת אך לנקוט בצעדים על מנת למנוע פעולות טרור כנגד אזרחים ישראליים.
"אי הדגשת מרכזיות הטרור הפלשתיני וחובתו של צה"ל לפעול להגנת אזרחי ישראל כתוצאה ממנו, אינו סביר ויוצר הטעיה מכוונת", קובעת המדינה.
"התעלמותו של הדוח מניה ובניה מהתנהלותם של ארגוני הטרור פלסטינים, ומפשעי מלחמה אותם הם מבצעים על בסיס יומיומי כאשר הם מטווחים בכוונה אוכלוסיה אזרחית בצורה בלתי מאבחנת, כל זאת תוך שימוש באוכלוסיה מקומית כמגן אנושי היא דוגמא בולטת נוספת לבעייתיות המשמעותית הגלומה בדוח זה. בנוסף, אין בדו"ח ולו תיאור עובדתי מינימאלי של הפעילות היזומה של רשויות אכיפת החוק, לרבות משרד המשפטים, המשרד לביטחון הפנים וצה"ל, לשם שמירה על זכויות אדם".
בראיון ליומן הצהרים של ערוץ 7 התייחסה עורכת הדין ניצנה דרשן לייטנר לדו"ח אמנסטי ומסקנותיו, וקבעה כי התנהלותה של ישראל בשטחי יהודה ושומרון אינה מנוגדת לדרישות הבינלאומיות. זאת כיוון שגם המשפט הבינלאומי קובע כי לישראל היכולת להגן על עצמה.
עם זאת, לטעמה לא ניתן להוכיח שהגדר נועדה להגן על האזרחים מאימת הטרור. זאת לנוכח ההתעלמות מעמדתה זו של ישראל בבית הדין בהאג. התעלמות שזכתה להתעלמות מקבילה של ממשלת ישראל, למרות פסק הדין המחמיר עם ישראל.
עו"ד לייטנר מזכירה דו"ח שבו קבע 'אמנסטי' שהפיגועים הם אכן פשעים נגד האנושות, אך מעבר להכרזה זו לא נעשה דבר, ולא נשלחה קריאה לעולם לפעול נגד הפלשתינים. לעומת זאת, היא מציינת את דרישת אמנסטי לשחרר את מרואן ברגותי על אף מעורבותו בפעילות שאינה אלא פשעים נגד האנושות.
לייטנר אינה תולה תקוות בארגון זה ובארגוני האו"ם השונים בעניין היחס לפלשתינים כמו גם כלפי המתרחש בדרפור, שם נטבחים מיליוני בני אדם.