בכנס הסוכנות היהודית תשס"ז התייחס הנשיא הנבחר שמעון פרס לנעשה בעזה ואמר "אם החמאס יטפלו בילדים שלהם, אנחנו נסייע להם. אם הם יירו על הילדים שלנו, אנחנו נעצור אותם בכל דרך. הם צריכים להבין שהבחירה בידיהם ואי אפשר לירות ולצפות שיעריכו אותך. החמאס רוצים גם להמשיך לירות, גם הכרה מהעולם וגם המשך הזרמת כספים וגם את הלגיטימציה של הרשות הפלשתינית". פרס הוסיף ואמר כי צריך לפעול ביו"ש גם באמצעים כלכליים "אם תהיה עבודה לשניים וחצי מיליון פלשתינאים, אנו נראה גדה חדשה".



פרס הוסיף כי צריך שהממלכה הירדנית תהיה שותפה מרכזית בהסדרים הכלכליים באזור. באשר לסוריה אמר פרס כי אם הסורים יפעלו ברצינות להתחלת תהליך שלום, ישראל תהיה פרטנר וניתן יהיה להגיע לשלום אמיתי עוד בימינו.



עוד אמר פרס כי יש להחזיר את ירושלים כמרכז התרבות והמורשת של ישראל והעולם היהודי, אך יש לאפשר חופש תפילה לכל המאמינים בכל הדתות.



בעניין הנגב אמר פרס כי ישראל צריכה לפזר את את ההגנה על כל מדינת ישראל "זוהי חובתנו להפוך את הנגב לחלק מישראל לא רק על המפה גם על החיים במדינת ישראל", אמר פרס "כל המדינה היא חזית לא רק אזור שדרות והנגב"



"ישראל חייבת להמשיך לפתח את הנגב בתיירות, תעסוקה, חקלאות ולימודים. אנחנו יכולים להפוך את הנגב למרכז כלכלי חשוב לישראל", אמר.



הנשיא הנבחר התלוצץ כשאמר לקהל שכעת, לאחר פיטוריו מהממשלה, הוא מבוטל וחסר עבודה ואמר לקהל כי הוא מסתכל קדימה, לשנות את החיים, ולהביט הלאה להזדמנויות הרבות, כלשונו.



יו"ר הסוכנות זאב ביילסקי אמר בכנס כי הסוכנות היהודית תומכת במשפחות החיילים ,"אנחנו לא יודעים אם החיילים חיים? אם הם בסדר ? ואם בכלל יחזרו, אך אנו מקווים שנראה את החיילים חוזרים כבר בשנה הקרובה ". הוא התייחס לנשיא הנבחר ואמר "מחכות לנו 7 שנים של שיתוף פעולה ועבודה קשה".