בית משפט השלום בתל-אביב הורה למכון לטיהור שפכי גוש דן (שפד"ן) לשלם קנס בגובה 800 אלף שקל, שיועברו לקרן למניעת זיהום הים, בשל הזרמת כשלושה מיליון מ"ק של ביוב גולמי לים בחודשים ינואר-פברואר 2003.
ע"פ כתב האישום בחודש ינואר 2003 בשעת אחר הצהריים, בקרבת צומת הרחובות עזה - חבר הלאומים ביפו, נשבר קטע מקו הסניקה המזרחי. עם קרות השבר פרצו כמויות אדירות של שפכים מתוך האדמה, קרעו בקרקע מכתש שקוטרו עשרות מ"ר, סחפו כלי רכב, הציפו בתים (ביניהם גן ילדים), וסיכנו חיי אדם.
זמן מה לאחר אירוע השבר, הוחלט על הפסקת פעולות השאיבה בתחנת בסה, והזרמת שפכים וביוב גולמי לים. ההזרמה נמשכה כמעט חודש בסך הכל הוזרמו לים 3,000,000 מ"ק ביוב גולמי. הזיהום שנוצר חייב סגירת החופים והטלת איסור לדוג, לשוט ולצלול באזור.
בסוף שנת 2004 הוגש לבית משפט זה כתב אישום נגד האיגוד, ונגד מי שהיו באותה עת יו"ר האיגוד - מרים מזר, מנכ"ל האיגוד - גדעון זץ, ומהנדס האיגוד - יעקב אריאב. כתב האישום ייחס לנאשמים עבירות על חוק למניעת זיהום הים ממקורות יבשתיים, ועל חוק שמירת הניקיון.