שלטון החמאס הצליח בהפיכה הצבאית שביצע בחודש יוני האחרון להשתלט על מוקדי הכוח ברצועת עזה ולרסק את מנגנוני הביטחון הפלשתיניים. יחד עם זאת, אתגרים ביטחוניים חדשים צצים ברצועת עזה ומאיימים לערער את היציבות. בימים האחרונים הולכת ומסלימה המתיחות בין תנועת החמאס לצבא האסלאם, המקיים קשרים עם ארגון אל-קאעידה ונחשב אחת השלוחות של הארגון. מקור המחלוקת הנוכחי – תביעת החמאס החד משמעית, המלווה באיום להפעלת כוח, לשחרר את העיתונאי הבריטי אלן ג'ונסטון שנחטף ע"י צבא האסלאם.



תנועת החמאס מימשה את האיומים ולו חלקית. פעילי הכוח הביצועי עצרו במהלך חילופי אש את דובר צבא האסלאם, ח'טאב אל-מקדיסי, ונמסר שהוא נפצע באורח קשה. דובר החמא ס האשים את אל-מקדיסי באחריות לרצח תושבים פלשתינים ולניסיון לערער את היציבות הביטחונית ברצועת עזה על פי הנחיותיו של מוחמד דחלאן. ברהום טען, כי "ארגון צבא האסלאם קיבל בעבר כספים מקבוצת מוחמד דחלאן ותיאם איתה את מהלכיו וגם כיום הארגון מקבל תמיכה כספית מרמאללה כדי ליצור בלבול וכאוס בעזה כדי להציג את החמאס כגורם שאינו מסוגל לשמור על הביטחון ברצועת עזה".



צבא האסלאם אינו נשאר חייב. בהודעות רשמיות שפרסם בשבוע האחרון הוא תוקף חזיתית את תנועת החמאס ומאשים אותה בהפצת כזבים, באי נאמנות לאסלאם בכך שנמנעה מלהכריז על שלטון אסלאמי ברצועת עזה ובחתירה לחסל את פעילי הארגון. למסע הנגדי גויס פעיל בזרוע הצבאית של החמאס, אשר בקלטת שמע שהופצה באתר של אל-קאעידה (2 ביולי 2007) תוקף את הנהגת החמאס על יחסה העוין לצבא האסלאם ומזהירה מפני פגיעה בארגון.