מתיחות ביחסים בין הג'יהאד האסלאמי לתנועת החמאס ברצועת עזה על רקע ניסיון החמאס להצר את פעילות הארגון. גורם המקורב מאוד לצמרת הג'יהאד האסלאמי מסר לעיתון הירדני "אל-חקיקה אל-דווליה" (5 באוגוסט 2007), כי מסר אזהרה תקיף הועבר להנהגת החמאס על מנת שתרסן את פעילות הכוח הביצועי בעקבות תקריות אש בין פעיליו לפעילי הג'יהאד.



הנהגת הג'יהאד האסלאמי הזהירה מפני האפשרות להריסת האמון בין הארגונים אם תמשכנה פעולות הכוח הביצועי והרדיפה אחר פעילי הארגון. הזרוע הצבאית של הג'יהאד האסלאמי קיבלה באחרונה הנחיות מדמשק לנהוג בריסון רב מול הפרובוקציות של החמאס ולעיתים להעדיף לסגת מזירת המערכה ולהשאיר את הטיפול בידי ההנהגה המדינית.



עימות מזוין בין הצדדים פרץ לפני כשבוע בעקבות ירי מסיבי של שמחה בחתונה בשכונת שג'עיה ממזרח לעזה. נציגי הכוח הביצועי הגיעו למקום, דרשו להפסיק את האש ולמסור את הנשק עד יום רביעי האחרון. כאשר הגיעו פעילי הכוח הביצועי להחרים את הנשק התפתחו חילופי אש בהם נהרגו פעיל הג'יהאד האסלאמי ופעיל בכוח הביצועי וכן נפצעו עשרה נוספים.