ראשי המועצה להשכלה גבוהה (מל"ג) והוועדה לתכנון ולתקצוב (ות"ת) הודיעו כי הם אינם מכירים בהפיכת מכללת יהודה ושומרון ל"מרכז אוניברסיטאי". הם הודיעו כי לא יטפלו בפניות ובקשות של המכללה שייעשו תחת הכינוי "מרכז אוניברסיטאי".
סטיבן סתיו, מנכ"ל המועצה וות"ת, שיגר מכתב לעובדי ות"ת והמועצה להשכלה גבוהה והנחה אותם לא לטפל בפניות של המכללה. "לאור הודעת המכללה כי מעמדה שודרג להיות מרכז אוניברסיטאי, הריני להבהיר, כי אין אנו רואים בשינוי זה שינוי תקין על פי הנהלים והחוק. על כן, אבקש לא לטפל בכל פנייה מצד נציגי המכללה, אשר תופנה אלינו בשם המרכז האוניברסיטאי, לרבות תשובות למכתבים, טיפול בתוכניות חדשות, תקצוב והזרמת כספים", כתב סתיו.
שר האוצר לשעבר, יגאל כהן אורגד, המכהן כיו"ר הועד הפועל של המרכז האוניברסיטאי באריאל, אמר לערוץ 7 כי "לא המכללה באריאל היא שהכריזה על עצמה כמרכז אוניברסיטאי, אלא הועד האקדמי קבע שהחל מ-ח' באב אנחנו רשאים להשתמש במושג אוניברסיטה או אוניברסיטאי. זה לא שהגוף עצמו מכריז על עצמו אלא שהוא עומד במבחנים ומוכרז עליו ככזה".
לדבריו, צודקת שרת החינוך יולי תמיר בכך שהמועצה להשכלה גבוהה לא הגדירה את המכללה בתואר האוניברסיטאי. אולם זאת כיוון שההחלטה לא התקבלה על ידיהם, אלא על ידי המועצה המקבילה המתייחסת למוסדות ביהודה ושומרון. הוא מציין בדבריו כי לאחר שהמועצה להשכלה גבוהה לא הסכימה לדון במתרחש ביו"ש הוקמה המועצה המקבילה העוסקת במוסדות שביו"ש.