בעקבות תביעת המשרד להגנת הסביבה קנסה השופטת בית משפט השלום ברמלה, נ. קפלינסקי, בסך של 280,000 ₪ את קיבוץ נען, מרכז המשק, יצחק חלוף, ומרכז הרפת, לירון זהבי, בגין זיהום מקור מים משפכי רפת. כמו כן, חתם הקיבוץ על התחייבות כספית להימנע מהעבירות בהן הורשע בסך של 300,000 ₪ למשך שנתיים.



הנאשמים הואשמו כי בתאריכים שונים בשנים 2003-2000 לא טופלו שפכי הרפת כנדרש. ערימות זבל בקר היו מונחות על קרקע חשופה, זבל ותשטיפים גלשו מחצרות הרפת לכיוון תעלת הניקוז, חלקים גדולים משטח הרפת היו חשופים ללא סככה וללא מרזבים תקינים, לחצרות לא היה מעקה מאצרה, וזבל הבקר נשטף עם הגשם. רפת הקיבוץ נמצאת באגן ההיקוות של נחל שורק, בחלק המזרחי של אקוויפר החוף, שהוא האקוויפר הראשי בכל הקשור להספקת מים שאובים בישראל, המתאפיין בסלעים מוליכים.



בית המשפט קבע כי הקנסות ישולמו לקרן לשמירת הניקיון.



עו"ד תמר זהר, מהלשכה המשפטית שבמשרד להגנת הסביבה, ציינה כי מדובר בקנס הגבוה ביותר שניתן עד היום לרפת, פסק הדין משקף את מדיניות המשרד להגנת הסביבה ועמדת בתי המשפט בנוגע להעלאת רף הענישה כלפי מזהמי סביבה ככלל ומקורות מים בפרט.



בגזר הדין ציין בית המשפט, בין היתר, כדלהלן: "מעשיהם של הנאשמים חמורים. מתוך שיקולים כלכליים של נאשם 1 בלבד, ונוכח כוונתו להעביר את הרפת מנען למקום מרוחק אחר, בעזרת ההטבות שהוצעו במסגרת הרפורמה במשק החלב, במשך תקופה ממושכת, הנאשמים התעלמו מהפניות ומדוחות הביקורות, לא השקיעו בתשתיות הרפת בנען, ולא תקנו את הדרוש למניעת או צמצום המפגעים".



עוד נכתב בגזר הדין: "הנאשמים התעלמו מפניות נציגי משרד איכות הסביבה, מדוחות הביקורת שהועברו אליהם והמשיכו להפעיל את הרפת בנען תוך גרימת המפגעים שתוארו בהכרעת הדין, כל זאת אף שהיו ערים למיקומה הרגיש של הרפת הנובע מקרבתה לתעלת הניקוז".