שופטי בג"ץ דחו את העתירות שהגישו תושבים פלסטינים נגד תוואי הגדר סביב אלפי מנשה שבשומרון. השופטים קבעו כי טענת המדינה שהתוואי שומר על האיזון המידתי, מקובלת על בית המשפט.
"הגענו למסקנה כי בנסיבות המקום והמקרה, האיזון שערך המפקד הצבאי בין צורכי הביטחון, זכויות התושבים הישראלים וזכויות התושבים הפלסטינים, הוא מידתי. תוואי הגדר באזור אלפי מנשה עבר בחינה כוללת ומחודשת לאחר פסק דיננו ביחס לתוואי המקורי בבג"ץ 7957/04. המפקד הצבאי שקל את מכלול הנסיבות הרלוונטיות", כתבו השופטים.
"אין אנו מקלים ראש בפגיעות בתושבים הפלסטינים הכרוכות בבניית הגדר גם בתוואי החדש. מעבר לגדר ובמרחב התפר נותרים כ-2,500 דונם של אדמות פרטיות. פגיעה זו נדרשת מטעמים ביטחוניים. עם זאת, אף אם מדובר בפגיעה קשה אין לומר כי פגיעה זו אינה מידתית. מקובלת עלינו עמדת המשיבים לפיה קיים צורך ביטחוני חיוני שיש בו כדי להצדיק תפיסת אדמות אלה. שוכנענו כי לא קיים תוואי שפגיעתו פחותה ואשר יש בכוחו להגשים את התכלית הביטחונית. העותרים מציעים להעביר את הגדר מצידו הצפוני של הוואדי החוצץ בין ראס א-טירה לאלפי מנשה, בצמוד לבתי הישוב אלפי מנשה. המשיבים מנגד סבורים כי תוואי כזה לא ייתן הגנה מספקת לישוב אלפי מנשה, שיהיה צפוי לחדירת מחבלים ללא זמן התרעה מספק עד להגעתם לבתי הישוב עצמם".
"מקובלת עלינו עמדת המשיבים כי משיקולים ביטחונים, נדרשת יצירת מרחב ביטחון של מספר מאות מטרים בין הגדר לבין אלפי מנשה", כותבים השופטים ומציינים כי "אין לומר כי הפגיעה הנגרמת לכפרים שמדרום למובלעת אינה עומדת ביחס הולם לתועלת הביטחונית הצומחת מן הגדר. מטרת הגדר הינה להגן על חיי התושבים הישראלים מפני פעולות טרור. תועלתה הצפויה היא, אם כן, רבה מאד. מקובלת עלינו גם עמדת המשיבים לפיה השטח עליו הולכת ונבנית שכונת "גבעת טל" אף הוא חלק מאלפי מנשה וזקוק להגנה באמצעות הגדר".
עוד כותבים השופטים כי "מנגד, לא שוכנענו כי הפגיעה בעותרים היא כה קשה וחמורה עד שאין היא מידתית. בתוואי הגדר יכללו שערים חקלאיים דרכם תתאפשר הגישה לאדמות החקלאיות שיוותרו מצידה ה"ישראלי" של הגדר. תמורת קרקעות פרטיות שייתפסו יהיו התושבים זכאים לקבלת דמי שימוש ופיצויים, בכפוף להוכחת בעלותם על הקרקע. עצים המצויים בתוואי החדש, שהעתקתם תידרש, יועתקו בתיאום עם בעלי הקרקע".
השופטים דחו גם את עתירתה של המועצה המקומית אלפי מנשה, "המועצה המקומית אלפי מנשה לא הרימה את הנטל המוטל עליה כדי לשכנע את בית המשפט להעדיף מומחה אחר על פני המפקד הצבאי. בנסיבות העניין, לא השתכנענו כי עלינו להעדיף את דעתם המקצועית של חברי המועצה לשלום ולביטחון על פני עמדתו של המפקד הצבאי בכל הנוגע לסיפוק צורכי הביטחון של תושבי אלפי מנשה".
"גם שמירה על רצף טריטוריאלי אינה נופלת במסגרת שיקולי הביטחון, ואין בה כדי להצדיק פגיעה בזכויות התושבים הפלסטינים. הגדר לא נועדה להגן על תחום השיפוט של הישובים הישראלים. היא נועדה להגן על המתישבים עצמם, תוך התחשבות באינטרסים של התושבים המוגנים באיזור. מכאן שהרצון ליצור רצף בין אלפי מנשה לשכונת נוף השרון אינו יכול להוות טעם מספיק לבחירה בחלופה ב'. שכונת נוף השרון מרוחקת מספר קילומטרים מאלפי מנשה. היא מוגנת באמצעות קטע אחר של גדר ההפרדה, העובר בסמיכות לקו הירוק. בינה לבין אלפי מנשה כפרים וקרקעות חקלאיות של תושבים פלסטינים. גם לפי התוואי הקיים היום מנותקת שכונת נוף השרון מאלפי מנשה. תוואי הגדר אינו יוצר פגיעה מיידית וישירה במרקם חייהם של תושבי אלפי מנשה או תושבי שכונת נוף השרון".
השופטים סבורים כי התוואי החדש שהיתוו המשיבים (צה"ל והמועצה) למובלעת אלפי מנשה משקף את האיזון המידתי בין השיקולים המתנגשים ומכל מקום, אין הוא חורג מן המתחם אותו ראוי לנו לכבד. "לפיכך, לא מצאנו כל עילה להתערב בשיקול דעתו של המפקד הצבאי בקביעת התוואי".