מערכת הביטחון האטה באורח ניכר בשבועות האחרונים את בניית גדר ההפרדה לאורך הקו-הירוק, מסיבות תקציביות. במקומות מסוימים הבניה נעצרה לחלוטין.
התקציב שיועד לגדר הסתיים, ומשרד האוצר מתכנן קיצוץ של 500 מיליון שקלים בתקציב הגדר בשנת 2008. נכון לעכשיו לא נחתמים חוזי עבודה חדשים, והעבודות מתבצעות רק במקומות בהם ישנם חוזים ישנים כגון הגדר העוטפת את גוש-עציון. במקומות אחרים בהם הושלם תכנון תוואי הגדר, כמו אצבעות מערב השומרון או איזור מודיעין, הבניה לא מתחילה ולא צפוי שתתחיל בקרוב.
במקביל, מערכת הביטחון מתכננים בניית גדר לאורך גבול ישראל-מצרים, וגורמי ביטחון מעריכים כי תקציב גדר זה יבוא על חשבון גדר ההפרדה ביו"ש.