הרמטכ"ל, רב-אלוף גבי אשכנזי, נזף בתת-אלוף יאיר גולן, בעקבות חקירת משטרה צבאית חוקרת שנפתחה בגין מספר מקרים בהם הורה על שימוש "בנוהל שכן", בניגוד לפקודות.
לאור חוות דעת הפרקליט הצבאי הראשי ולאחר ששמע את הקצין, החליט הרמטכ"ל לנזוף בו, על שפעל בניגוד לפקודות, ללא יידוע מפקדיו וקבלת אישור לכך. בנוסף, קבע הרמטכ"ל כי קידומו של תת-אלוף יאיר גולן יעוכב לתקופה שלא תפחת מ-9 חודשים (החל ממרץ 2007) וכמו כן, טרם קידומו של הקצין תתקיים התייעצות נוספת בעניין זה עם הפרקליט הצבאי הראשי.
תת-אלוף גולן ציין בפני הרמטכ"ל כי מעשיו, על אף הפסול שבהם, נועדו לסייע לפקודיו לבצע את משימותיהם ולהתמודד עם קושי מבצעי אמיתי, ומתוך כוונה למנוע סיכון חיי אדם ופגיעה ברכוש.
הפרקליט הצבאי הראשי, תת-אלוף אביחי מנדלבליט, ציין בחוות הדעת אשר הגיש לרמטכ"ל, כי על מפקד בצה"ל מוטלת החובה לפעול בכל עת בהתאם לדין ולפקודות של מפקדיו המוסמכים, ואין בעובדה שחריגה מן הדין ומן הפקודות הביאה לתוצאה חיובית, כביכול, כדי לגרוע מן הפסול העקרוני שבכך. עם זאת, הפרקליט הצבאי הראשי סבר, כי יש לתת משקל לעובדה שההחלטות שקיבל תת-אלוף יאיר גולן צמצמו בפועל את הסיכון לאוכלוסיה המקומית ולרכושה, ומנעו פגיעה בנפש וברכוש.
כן ציין הפרקליט הצבאי הראשי את העובדה שתת-אלוף גולן הורה להפעיל את "ניהל שכן" רק במספר מצומצם ביותר של מקרים, יחסית למספרן הגדול מאוד של פעולות המעצר שבוצעו תחת פיקודו באותה תקופה.
לאחר ששקל את חומרת מעשיו של תת-אלוף גולן, מחד גיסא, ואת השיקולים המקלים בענינו מאידך גיסא, מצא הפרקליט הצבאי הראשי כי למרות שמעשהו היה חמור, מדובר בכשל שהוא פיקודי-מקצועי בעקרו, ולפיכך ניתן להסתפק בעניינו של תת-אלוף גולן בצעד פיקודי משמעותי, ללא מיצוי הדין עימו בהליך פלילי.
מצה"ל נמסר כי במהלך החקירה ובפני הרמטכ"ל, נטל תת-אלוף גולן אחריות מלאה על החלטותיו ומעשיו ולא ביקש למעט בתיאור אחריותו. הרמטכ"ל הדגיש כי על מפקדים בצה"ל בכל הרמות מוטלת החובה בכל עת לפעול בהתאם לדין ולפקודות של מפקדיהם המוסמכים.