שופטי בג"ץ הורו הבוקר לרבנות הראשית לעשות שימוש בסמכותה, ולמנות רב מטעמה שיתן תעודות כשרות המסתמכות על היתר מכירה, בכל מקום שבו הרב המקומי מסרב לתת תעודות כשרות למי שאיננו מוכן שלא להסתמך על ההיתר.
הפסיקה ניתנה בעתירה שהגישו גופים שונים, ביניהם מועצת הצמחים, התאחדות חקלאי ישראל ומגדלים שונים נגד הרבנות הראשית, ושורה של רבנים מקומיים אשר סירבו לתת תעודות כשרות המסתמכות על ההיתר בעירם.
העותרים טענו כי מכיוון שהרבנות הראשית מכירה בהיתר כפתרון לגיטימי, לא רשאים הרבנים המקומיים שלא לתת תעודות כשרות על פיהם ובמידה והם מסרבים חייבת הרבנות לתת תעודות כשרות במקומם.
בתגובה לעתירה החליטה מועצת הרבנות הראשית במשאל טלפוני בו השתתפו 12 מתוך 16 חבריה, כי "כי כל רב בעירו והוא בלבד יכול להנהיג את העיר כהבנתו ודעתו בענייני השמיטה".
בבית המשפט טענה הרבנות, כי סמכות הרבנות הראשית ליתן תעודות הכשר בנוסף לרב המקומי היא סמכות שברשות, שהרבנות החליטה שלא לעשות בה שימוש - מתוך הכרה במעמדו הייחודי של הרב המקומי, אשר הליך בחירתו משקף את אופיה של האוכלוסיה בעירו.
בסיום דיון ארוך במאפייניה ההלכתיים והרעיוניים של השמיטה וסקירה הסטורית של תולדות ההיתר, קובע השופט רובינשטיין, כי "גישת הרבנות הראשית מקדמת דנא החל מייסודה בראשית המנדט – וגישת הרבנות המוסדית עוד בשלהי התקופה העות'מאנית, עם חידוש הישוב החקלאי היהודי – היתה למצוא דרך לאפשר לחקלאות היהודית בארץ להתקיים בימי השמיטה, במבט רחב שכלל מרכיבים שונים. מכאן היתר המכירה".
לדבריו, "איש מן הפוסקים שנקטו גישה זו לא הקל ראש בהלכות השמיטה ובתקוה לקיימה כנתינתה; ואולם הצירוף בין ההנחה שרוב תופסי התורה נקטו בה, כי הלכות שמיטה הן כיום מדרבנן, והשיקולים הכרוכים בחקלאות היהודית וקשייה, היטה את הכף".
השופט רובינשטיין מבהיר, כי הרבנות שגתה בכך שלא הבינה, כי "שינוי במדיניות צריך לבוא לא בדרך של ניסיון "לשנות מסדרי עולם באבחת הוראה אחת", כפי שאירע בענייננו. שינוי משמעותי כל כך – אם יש לו מקום – גם צריך להתקבל בכובד ראש ובהליך מסודר, ולהיות סביר, מידתי ומנומק. חוששני כי כך לא אירע".
ובסיום דבריו קובע רובינשטיין, כי "הרבנות תפעל בהמשך להחלטותיה הקודמות מיום ו' בכסלו תשס"ז (27.11.06) וחוזריה לאורך שנת תשס"ז. לפיכך, בכל מקום שבו אין הרב המקומי נכון ליתן תעודות כשרות המיוסדות על "היתר מכירה", על הרבנות לעשות שימוש בסמכותה לפי סעיף 2(א)(1) לחוק איסור הונאה בכשרות, ולהסמיך רבנים שיעשו כן". גם השופטות בייניש וחיות הצטרפו להחלטה.