במשרד האוצר דוחים את טענות ועד המרצים וטוענים כי לסגל האקדמי הוצעה תוספת של כ- 5% ולהמשיך לנהל מו"מ לשיפור תנאי העסקתם במסגרת ועדת שוחט אך הם בחרו לשבות.
"ועד המרצים מבקש תוספות שכר מופרזות, בנוסף מבקש הסגל האקדמי להחיל את רכיב הוותק על מרכיבי שכר נוספים, דבר אשר ישפר בהכרח את שכר אנשי הסגל הבכירים והותיקים על פני שכר אנשי הסגל הצעירים (מדובר בפערים עצומים בין צעירים לותיקים – יותר מפי 10!!!). יודגש, כי אין בדרישות ועד המרצים כל דרישה המכוונת לשימור או החזרה מחו"ל של סגל צעיר/איכותי. דרישותיהם מייעדות את מרבית עלות ההסכם לותיקים בלבד, דרישות אלה אינן משרתות בהכרח את צרכיה של מערכת ההשכלה הגבוהה בישראל", אומרים באוצר.
"נציגי ועד המרצים הביעו בתקשורת את חוסר אמונם במשרד האוצר שעל פי חוק אחראי בין השאר על הסכמי עבודה במשק. על מנת לסיים את שביתת המרצים במהרה ולאפשר לסטודנטים לפתוח את שנת הלימודים האקדמית, הסכים הממונה על השכר, לפנים משורת הדין, להצעתה של שרת החינוך לשילוב מגשר במשא ומתן עם ועד המרצים והפסקת השביתה לאלתר, לצורך המשך ההדברות בין הצדדים. ועד המרצים סרב להצעת הגישור ואמר כי אין לו בעיה 'לשבת עם האוצר'".
באוצר שבים ומציינים כי על אף כל הצעות המדינה, בוחר ועד המרצים בדרך השביתה, מסרב לשילוב מגשר ומציב תנאים מוקדמים לקיום משא ומתן לצורך קבלת תוספות שכר מעבר לתוספת עליה סוכם עם הסתדרות העובדים וזאת על חשבון לימודי הסטודנטים שהיו אמורים להחל בלימודיהם האקדמאיים לפני כארבעה ימים. הוצע לסגל האקדמי לקבל את תוספת השכר עליה סוכם לאחרונה בהסכם הקיבוצי עם ההסתדרות ולהמשיך ולנהל משא ומתן במשך תקופה קצרה, אשר יביא לשיפור תנאי העסקתם במסגרת יישום מתווה ועדת שוחט אשר מבטיח את עתיד ההשכלה הגבוהה בישראל.
בנוסף, ועד המרצים, המורכב משבעה נציגי האוניברסיטאות השונות, זקוק להסכמתם של כל הנציגים והעובדה כי רק שניים מהם נוכחים בדיונים, מקשה על גמישות וקבלת ההחלטות בניהול המו"מ, טוענים באוצר.
במשרד מדגישים כי אנשי הסגל האקדמי נמצאים בעשירון העליון במשק בהיבט של חלוקת ההכנסות, השכר הממוצע לאיש סגל בכל שלבי העסקתו עולה על רף הכניסה לעשירון העליון. שכר הסגל האקדמי הממוצע לשנת 2006, הינו כ- 20,000 ₪ פי 2.8 מהשכר הממוצע בשירות הציבורי. שכר ממוצע של פרופ' מן המניין הינו כ- 26,500 ₪ לחודש ושכר ממוצע של מרצה מגיע לסך של כ- 14,500 ₪ לחודש (נתוני 2006). איש סגל מרצה בממוצע 6 שעות בשבוע, חלקם מרצים אף פחות מכך. אנשי הסגל רשאים לעבוד במשרה נוספת במכללות – כמרצים מן החוץ וזאת למרות שהם מועסקים במשרה מלאה באוניברסיטה. בנוסף לכך אנשי הסגל האקדמי נהנים מתנאים נוספים ייחודיים, ביניהם: שנת שבתון בשכר, קרן קשרי מדע, מענקי מחקר ועוד. אנשי הסגל האקדמי הבכיר מועסקים במקצוע בעל מעמד ויוקרה גבוהים ביותר, הם נהנים מביטחון תעסוקתי אשר לא קיים במגזר הפרטי.
הממונה על השכר קורא לסגל האקדמי למנוע את הפגיעה המיותרת בהשכלה הגבוהה ולחזור לאלתר לשולחן המשא ומתן.