הכוחות הפלשתינים שהתפרסו בשכם לא יאספו מהמחבלים המבוקשים בעיר את הנשק שלהם. כך אמר מושל מחוז שכם, ג'מאל מוחייסן , בראיון בשבוע שעבר לבטאון הרשות "אלחיאת אלג'דידה". לדבריו, "נשקם של המחבלים ("נשק ההתנגדות") הנמצאים ברשימות המבוקשים יישאר בידיהם עד שהם יסדירו באופן מלא את מצבם מול הצד הישראלי".
ביום שישי בבוקר החלו להתפרס בשכם 308 לוחמי הבטח"ל – הביטחון הכללי הפלשתיני, המהווים את שלד הצבא הפלשתיני, על אף שבישראל הם עדיין נקראים "המשטרה הפלשתינית". מדובר בפריסה ראשונה, כאשר 200 לוחמים פלשתינים נוספים יגיעו בהמשך השבוע. הדבר נעשה בעקבות הסכם בין שר הביטחון, אהוד ברק, לראש הממשלה הפלשתינית מטעם הפתח', סלאם פיאד.
קודם לכניסת הכוחות הפלשתינים נפגשו מח"ט שומרון אל"מ אמיר ברעם ומפקד הבטח"ל בשכם, לתאם את כניסתם. בעזרת ראש המינהל-האזרחי אל"מ יואב מרדכי (פולי) סוכם על אופן הכנסת האנשים והציוד. בפגישה הוצגו בפני הפלשתינים מפות שבהן סומנו גבולות הגיזרה של פעילותם. מושל שכם ג'מאל מוחייסן טען כי "המדובר לא רק בעיר שכם אלא בכל המחוז כולל הכפרים ומחנות הפליטים".
בתגובה אמר לכתבנו גורם צבאי בכיר, כי פעילות הכוחות הפלשתינים לא תחרוג משטחי A, ואף זאת לא בכל השטח.
מושל שכם הדגיש כי שכם נבחרה כמקום לתחילת ביצוע התוכנית הביטחונית משום שהמצב בעיר קשה, "ואם ישוב אליה הביטחון, קל יהיה לפעול בכל הערים הפלשתיניות". הוא הוסיף כי "התוכנית הביטחונית המיושמת בשכם הינה חלק ממפת הדרכים. לאחר שתבוצע התוכנית ע"י הרשות הפלשתינית יהיה על ישראל לסגת לגבולות ה- 28 בספטמבר 2000 ולהחזיר את המצב לקדמותו כפי שהיה לפני אינתיפאדת אלאקצא".
לפי ההסכם, השוטרים הפלשתינים יעסקו בשמירה על הסדר הציבורי במשך שעות היום בלבד, מ-6 בבוקר ועד חצות הלילה. השליטה הביטחונית בעיר תיוותר בידי צה"ל בידי צה"ל. גורמים צבאיים אומרים כי צה"ל נשאר האחראי לכל נושא הביטחון בשכם, ופריסת השוטרים הפלשתינים לא תפריע לפעילות השוטפת של צה"ל, שימשיך לפעול לסיכול פיגועי טרור ללא הפרעה. "גם ביריחו ובטול-כרם ישנם כוחות פלשתינים במדים, והם לא מונעים מצה"ל לפעול לסיכול פיגועים".
לא ברור עד כמה הפלשתינים אכן מבינים זאת, שכן מושל שכם הדגיש בראיון איתו כי "אנו לא ניתן לכיבוש (הישראלי) להמשיך בפעולות ההרג, המעצרים והפלישות..."
בצה"ל אומרים כי על פי הסיכום, יעסקו הכוחות הפלשתינים בתפיסת נשק בלתי חוקי, סיום תופעות המכוניות הבלתי חוקיות וגביית דמי החסות, ומניעת פשיעה על כל צורותיה. מושל שכם ציין כי מטרת התוכנית הביטחונית הינה ש"שכם תהיה נקייה מכל נשק פרט לנשק החוקי והמורשה". לדבריו, המטרה היא למנוע הימצאות כל נשק בלתי חוקי, אפילו אם הוא נמצא בידי "גדודי חללי אלאקצא".
בצה"ל מזכירים כי שכם מהווה את מוקד הטרור הבולט ביהודה ושומרון, וכוחות הביטחון הישראלים שבו וסיכלו ניסיונות להוציא ממנה פיגועי טרור, כולל סיכול פיגוע התאבדות בתל אביב בעקבות גילוי חגורת נפץ ביום הכיפורים. שכם גם מהווה מוקד של אנרכיה ושל תקריות מתמשכות בין פתח ומנגנוני הביטחון הפלשתינים לבין תנועת החמא"ס, ארגוני טרור נוספים וגורמים פליליים. פריסת כוחות הביטחון הפלשתינים בשכם מהווה איפא מבחן ראשון מסוגו ליכולתה של "הרשות הפלשתינית" למלא מחויבותיה הביטחוניות בהתאם לנדרש ממנה ב"מפת הדרכים".