כוחות משטרה פרצו לגבעת האנטנה הסמוכה למעלה חבר שבדרום הר חברון ועצרו את מלכיאל וברוך בן יוסף. במשטרה חושדים כי מלכיאל מעורב בגרימת נזק לרכוש פלסטיני ואילו האב נעצר כיוון שניסה למנוע את מעצר בנו.
העצורים אמרו לערוץ 7 כי על המשטרה היה לגלות רגישות בשל העובדה כי במקום נרצח בן של משפחת בן יוסף מאש כוחות צה"ל. בן יוסף האב סיפר כי במשך ארבע שנים נוהגים החברים והמשפחה בכל יום שלישי להתפלל 'תפילת ותיקין' באנדרטה לזכר הבנים בגבעת האנטנה. בסיום התפילה הציגו השוטרים צו לבן כי עליו להתלוות לתחנת המשטרה בשל החשד כי פגע ברכוש ערבי.
בן יוסף סיפר כי חזר לגבעה, "מדובר בשביל צר והם ביקשו שאפנה להם את הדרך, אמרתי להם שיזהרו לא לפגוע בגל-עד לזכר בני אך אחד השוטרים אמר 'אם נצטרך נפיל גם את הגל-עד', עניתי להם כי יש אפשרות שהם שותפים לרצח בני, הם עיכבו אותי לחקירה בגין העלבת עובד ציבור והפרעה במילוי תפקידו".
בג"ץ החליט לפני כמה חודשים כי כי לא תיפתח מחדש חקירת מותו של בנו של בן יוסף, יהודה וחברו יואב דורון שנהרגו מאש חיילי צה"ל לאחר שזוהו בשוגג כמחבלים בנובמבר 2003, וכי ימונה שופט חוקר בפרשה.
האירוע הקשה התרחש ב-13 במארס 2003, סמוך לישוב פני חבר שבדרום הר חברון. סגן-משנה יואב דורון ז"ל, קצין צה"ל בחופשה, וחברו יהודה בן יוסף, איבטחו את האזור בזמן שחיילי יחידת "מגלן" הקימו מארב.
החיילים, שחשדו כי מדובר במחבלים, פתחו באש לעבר מכוניתם של שני הישראלים וגם מסוק קרב ירה לעברם. בעקבות האירוע הקשה נפתחה בצה"ל חקירה. הרמטכ"ל החליט אז כי מפקד החטיבה המרחבית יהודה, אלוף-משנה חגי מרדכי, ומפקד האוגדה יקבלו הערות פיקודיות. כמו כן, מינויו של מרדכי למפקד חטיבת הצנחנים בוטל אז, והודח מפקד הפלוגה ביחידת "מגלן".
בשנת 2004, בתום חקירת מצ"ח, החליט הפרקליט הצבאי הראשי שלא להעמיד לדין איש מהמעורבים בפרשה הטראגית ולהסתפק בהמלצת הרמטכ"ל לתת הערות פיקודיות בלבד.