החלטת סגן שר-הביטחון מתן וילנאי לפתוח מחדש את מעבר סופה להכנסת סחורות חקלאיות לרצועה, נעשתה בניגוד לעמדת פיקוד הדרום, שטען כי את מעבר סופה קשה יותר לאבטח מאשר מעברים אחרים, בגלל המבנה שלו. בצה"ל חוששים מפני חטיפה של חייל או נהג משאית במהלך העברת סחורות. ככל הנראה נכנע וילנאי ללחץ של קיבוצי צפון הנגב, אנשי מפלגתו, המפעילים את מעבר סופה ונהנים ממנו כספית. כך נודע ל"ערוץ 7".
מעבר סופה, אחד המעברים הראשיים של סחורות נכנסות לרצועה, נסגר ב-28 באוקטובר, בהחלטת שר-הביטחון. סגירתו הותירה רק מעבר אחד בין ישראל והרצועה – מעבר כרם-שלום, זאת אחרי שמעבר קרני נסגר קודם לכן. (מעבר ארז לא משמש לסחורות אלא לעבר אנשים). במערכת הביטחון הסבירו את הסגירה בכך שהדבר נותן לישראל אמצעי לחץ. בכל פעם שתהיה הפגזת מרגמות על מעבר כרם-שלום, כפי שהיה כל הזמן, הוא ייסגר אוטומטית, והרצועה תנותק לחלוטין.
בדיונים בצמרת מערכת הביטחון טענו גורמי הצבא, אנשי פיקוד הדרום, כי את מעבר סופה קשה יותר לאבטח בגלל מבנהו. גורמים צבאיים אמרו שהמעבר נמצא בשטח פתוח, לא מספיק מגודר ובלי מספיק תצפיות. במעבר סופה אין תנאים למעבר סחורות בשיטת גב אל גב. משאיות הסחורות מישראל נכנסות לשטח המעבר, פורקות סחורה ויוצאות החוצה. אחרי סגירת השער מהצד הישראלי נפתח השער מהצד הפלשתיני, והמשאיות הפלשתיניות נכנסות להעמיס את הסחורה החקלאית. פתיחת המעבר מחייבת את צה"ל להגביר את הכוחות במקום, להציב לפחות שני נגמ"שים מאויישים כדי שיוכל להינתן מענה למצב של ניסיון חטיפה אם זה יתרחש, וולהציב יותר תצפיות למנוע נסיונות חטיפה. זאת בניגוד למעבר כרם-שלום אותו מפעילה רשות-שדות התעופה, הממוגן מכל עבר.
בצה"ל גם מזכירים שבמעבר סופה כבר היו הברחות מהרצועה, דבר שלא קרה בכרם-שלום.
לכתבת "ערוץ 7" נודע שוילנאי, ממנהיגי מפלגת העבודה, החליט על פתיחת המעבר עקב לחץ של קיבוצי צפון הנגב, שרבים מהם משתייכים לתנועתו. מעבר סופה מופעל בידי חברה פרטית, השייכת לקיבוצי המועצה האזורית אשכול. כספי האגרה על מעבר הסחורות מגיעים לכיסי הקיבוצים. זו גם הסיבה שרשות שדות התעופה, האחראית על הפעלת מעבר כרם-שלום, מתנגדת לפתיחת מעבר סופה. ברשות שדות התעופה אומרים כי המעבר שלהם פועל 24 שעות ביממה, על פי החלטת צה"ל. עקב כך יש להם הוצאות קבועות של חשמל, מים, ביוב, ועוד. אנשיהם מאיישים את המעבר בכל שעות פעולתו, ועליהם לשלם משכורות קבועות. רשות שדות התעופה גובה אגרת מעבר בכרם-שלום, והעברת משאיות למעבר סופה מקטינה את הכנסותיה.