במהלך הדיון בממשלה לקראת ועידת אנאפוליס אמר סגן רה"מ השר אלי ישי כי במסגרת הנמכת הציפיות אסור להפוך את הועידה למפגש שבו השלב הראשון במפת הדרכים, קרי פירוק ארגוני הטרור, יהפוך לשלב וירטואלי, כלשונו.
"אני לא מצליח להבין. אם הפלשתינים לא מוכנים להכיר במדינה יהודית אז את מי הם יפגשו באנאפוליס, את נציגי אוגנדה? יש לדרוש הפסקת הסתה במערכת החינוך, יישום מסוגלות מינימלית זו תצביע על נכונותו של אבו מאזן. היום מוסרים כל הקליפות המדיניות ומתברר כי הסכמה משותפת והצהרה מקובלת יכולה להיות רק סביב תכניה הכלכליים של הועידה. אם הדבר היה מופנם לפני מס' שבועות לפחות את זה היינו יכולים להציג לציבור".
בעניין סוגיית הבנייה בשטחי יו"ש אמר השר ישי, אומר כי הוא יעמוד על המשמר שאף אחד מהיישובים הקיימים לא ייפגע בכל הקשור להתפתחותו הטבעית. "אסור להגיע למצב שבו תהליך מדיני שלכל הדעות טרם התחיל יטיל כבר מגבלות על יישובים שיש להם עבר, הווה ועתיד. התקדמות מדינית, אסור שתהפוך להיות חרב פיפיות ותפגע ביישובים קיימים".