יו"ר האופוזיציה בעיריית ירושלים, ניר ברקת ויו"ר סיעת איחוד לאומי-מפד"ל ח"כ אורי אריאל, עתרו לבג"צ באמצעות עורכי הדין עמיחי ויינברגר ויינור ברטנטל נגד התקנות החדשות לבחירת רבני ערים.
התקנות אשר הומלצו ע"י השר במשרד הדתות יצחק כהן (ש"ס) ואושרו ע"י ראש הממשלה ושר הדתות אהוד אולמרט, נכנסו לתוקפן בספטמבר 2007.
לדברי ברקת ואריאל,התקנות החדשות הופכות את תהליך בחירת הרבנים לאינטרסנטי, פוליטי ומנוגד לחוק. ברקת קיבל את ברכתו של הראשון לציון, הרב מרדכי אליהו לעתירה.
בעתירה נטען כי בניגוד לחוק ובחוסר סבירות קיצוני, פעל שר הדתות לכך שבחירתם של הרבנים הראשיים ברשויות המקומיות תהיה בעלת אופי של מינויים פוליטיים פסולים, במקום הנהגת שיטה המאפשרת את בחירת רבני העיר על-פי ייצוג יחסי ודמוקרטי, כפי שהיה נהוג בעבר. התקנות מעצימות את השפעתו של שר הדתות ומקנות לו כח רב, בצורה שאיננה מוצדקת.
ניר ברקת, "יש להוציא את הפוליטיזציה מבחירת רבני הערים ולאפשר ייצוג יחסי ודמוקרטי. כבר למעלה מחמש שנים שעיריית ירושלים, הנמצאת בשליטה חרדית, פועלת שלא בתום לב לסכל בחירת רב ציוני שאינו מטעמה. התקנות החדשות, אשר אינן עומדות במבחן החוק הן שיא חדש לפוליטיזציה של התהליך שמטרתו בחירת שני רבנים מהמגזר החרדי בלבד".
בין השאר, קובעות התקנות החדשות הרכב חדש לוועדת הבחירה, המקנות לשר יתרון רב בבחירת נציגיו, תוך צמצום כוחם של מועצת הרשות המקומית והמועצה הדתית בעיר. בעבר הורכבה הוועדה משני נציגים של מועצת הרשות המקומית, שני נציגים של המועצה הדתית ויו"ר וועדה שנבחר על ידי ארבעתם. על פי התקנות החדשות תורכב הוועדה מנציג ממשרדו של השר, נציג המועצה הדתית, רב עיר כנציג המועצה, ונציג מועצת הרשות או נבחר ציבור. גם כיו"ר הוועדה יכהן נציג מטעם השר. העותרים ממשיכים ומפרטים, כי פוליטיזציה של המערכת קיימת גם באסיפה הבוחרת את הרבנים. בעבר הורכבה האסיפה מנציגי מועצת הרשות, נציגי המועצה הדתית ונציגי בתי הכנסת, באופן שווה. על פי התקנות החדשות תורכב האסיפה באופן הבא: רבע מהחברים בה יהיו נציגי מועצת הרשות, רבע יהיו נציגי המועצה הדתית וחצי יהיו נציגי בתי הכנסת – אשר נבחרים גם הם ע"י וועדת הבחירה, תוך ניגוד עניינים חמור. בעבר, תפקיד הוועדה היה לפקח על האסיפה, אך במסגרת התקנות החדשות היא אחראית, בין היתר, על מינוי חצי מנציגיה.
כמו כן, על פי התקנות החדשות, השר אינו מחויב למנות רב ראשי, במידה והוא צופה כי המועמד שבו הוא תומך ייתקל בהתנגדות. מצב זה עלול להביא ל"הקפאת" מינוי רב ראשי לתקופה ממושכת נוספת מסיבות אינטרסנטיות. בעתירה נטען עוד כי על התקנות החדשות להתבטל מכיוון שסמכותו של השר היא תיקון תקנות הרלוונטיות אך ורק לדרך הפרוצדורלית של הבחירה, ולא לנושאים מהותיים ועקרוניים אשר צריכים להיקבע במסגרת חקיקה ראשית.
ברקת פועל מזה זמן רב בשיתוף מנהיגות הציבור הדתי לאומי בירושלים למינויו של רב ראשי ציוני לעיר, לצד רב חרדי, ואף נפגש בעניין זה מספר פעמים עם הראשון לציון הרב מרדכי אליהו אשר מצדד במהלך. ברקת סבור כי רב ראשי מן הזרם הציוני הוא הכרח בעיר שבה 70% מהאוכלוסיה היהודית איננה חרדית והינה בעלת צרכים יחודיים משלה. לרב תפקיד משמעותי בייצוג העיר ותושביה, במעורבות בסוגיות הקשורות לעיר ובניהול ענייני הדת בעיר לצרכי האוכלוסיות השונות בה. תיקון המצב הקיים דרך העתירה יגדיל את הסיכוי לבחירת רב ראשי ציוני בירושלים בצורה דמוקרטית המשקפת את אוכלוסיית העיר.