הממשלה אישרה ברוב קולות את ההבנות שהושגו בוועידת אנאפוליס. שרי ש"ס ובראשם יושב ראש המפלגה ושר התמ"ת, אלי ישי, הצביעו נגד. ראש הממשלה, אהוד אולמרט, מתח ביקורת על אופן הצבעתו של ישי.
שרת החוץ, ציפי לבני, אמרה בישיבת הממשלה כי "אנאפוליס הייתה הצלחה גם מכיוון שהובהר לכולם שהמשא ומתן לא מגביל את ישראל בנושאי הביטחון. מבחינת ישראל, מפת הדרכים היא דרישת המינימום ההכרחי.הסדרי הביטחון יהיו גם חלק מההידברות בהמשך ובבסיס הדרישות שלנו".
"המפגש וההצהרה המשותפת שבסיסו קידמו את מעמדה של ישראל וקידם את האינטרסים שלה מול הפלשתינים, מול הערבים ומול העולם כולו", אמרה לבני.
שר הביטחון אהוד ברק, התייחס לועידה ואמר כי "ועידת אנאפוליס היא פתיחה טובה, המבחן יהיה במעשה". על פגישותיו עם סגן הנשיא צ'ייני, שה"ג גייטס ומזכירת המדינה רייס, אמר כי יש הבנה רבה לצרכים הביטחוניים של ישראל.
ח"כ יולי אדלשטיין (ליכוד) אומר היום, כי אישור החלטות ועידת אנאפוליס בממשלה תירשם לדראון עולם על שמם של אלי ישי ואביגדור ליברמן, לא פחות מאשר על שמם של אולמרט, לבני וברק. "גם השלכותיה של הועידה חלוקת ירושלים והקמת מדינה פלסטינית בפאתי גוש דן, תוך הגברת הטרור והאיום על מרכזי הערים בישראל ירשמו על שמם", מוסיף אדלשטיין.